โครงกระดูกแกน (อังกฤษ: axial skeleton) เป็นชุดของกระดูกที่ประกอบด้วยกระดูกในร่างกายมนุษย์จำนวน 80 ชิ้นในศีรษะและลำตัวของมนุษย์ แบ่งออกเป็น 5 ส่วน ได้แก่ กะโหลกศีรษะมนุษย์ (human skull) , กระดูกหูในหูชั้นกลาง (ossicles) , กระดูกไฮออยด์ (hyoid bone) ในลำคอ, หน้าอก และกระดูกสันหลัง โครงกระดูกแกนและโครงกระดูกรยางค์รวมกันเป็นโครงกระดูกมนุษย์