พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 4 สิ้นพระชนม์อย่างกระทันหันในเดือนเมษายน ค.ศ. 1483 ผู้สืบทอดบัลลังก์ต่อจากพระองค์คือพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 5 พระโอรสน้อย ทว่าริชาร์ด ดยุคแห่งกลอสเตอร์ พระอนุชาของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 4 ได้แย่งชิงบัลลังก์ไปจากพระภาติยะโดยมีสามีของแคทเธอรีนให้การช่วยเหลือ พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 5 และริชาร์ด ดยุคแห่งยอร์กผู้เป็นพระอนุชาถูกจองจำในหอคอยลอนดอนตามคำแนะนำของเฮนรี เฮนรีได้รับการตกรางวัลก้อนโตจากพระเจ้าริชาร์ดที่ 3 เนื่องจากพระเจ้าริชาร์ดเป็นศัตรูตัวฉกาจของครอบครัวของแคทเธอรีน เธอจึงไม่ได้เข้าร่วมพิธีราชาภิเษกของพระองค์

ฤดูใบไม้ร่วงของปี ค.ศ. 1483 เจ้าชายทั้งสองหายตัวไปจากหอคอยและไม่มีใครได้พบเห็นอีกเลย ในดือนตุลาคม ดยุคแห่งบักกิงแฮมได้ตัดสินใจก่อกบฏต่อพระเจ้าริชาร์ดที่ 3 ด้วยเหตุผลบางอย่างและได้เข้าร่วมเป็นกลุ่มผู้สนับสนุนเฮนรี ทิวดอร์ผู้ถูกเนรเทศไปอยู่ที่เบรอตาญให้ขึ้นครองบัลลังก์ เขาพยายามปลุกระดมผู้สนับสนุนฝ่ายแลงคัสเตอร์ในรัฐชายแดนเวลส์ แคทเธอรีนตามสามีเดินทางออกจากเบรกอนไปแวบรีโดยทิ้งบุตรสาวไว้ที่เบรกอน ด้วยปัญหาด้านสภาพอากาศการก่อกบฏได้ล้มเหลว ดยุคแห่งบักกิงแฮมหนีไปโดยฝากฝังบุตรชายคนโตให้อัศวินที่ไว้ใจช่วยคุ้มครอง สุดท้ายเขาถูกจับกุมตัวได้และถูกตัดหัวที่ซอลส์บรีในวันที่ 2 พฤศจิกายน ค.ศ. 1483 ในพินัยกรรมดยุคแห่งบักกิงแฮมทิ้งมรดกเป็นเงิน 1,000 มาร์คไว้ให้แคทเธอรีน แต่เธอถูกสภานิติบัญญัติเพิกถอนสิทธิ์และริบเงินก้อนดังกล่าวไป

กษัตริย์ส่งคนออกตามล่าแคทเธอรีนกับลูกๆ บุตรชายคนโตของเธอรอดจากการถูกจับกุมตัวแต่แคทเธอรีนกับเฮนรีถูกคริสโตเฟอร์ เวลล์สบอร์นและริชาร์ด ฮัดเดิลสตันพบตัวและถูกนำตัวไปลอนดอน เดือนธันวาคม ค.ศ. 1483 แคทเธอรีนได้รับอนุญาตให้พาบุตรสาวและข้ารับใช้จากเวลส์มาอยู่ที่ลอนดอน แต่ไม่มีใครรู้ว่าในรัชสมัยที่เหลืออยู่ของพระเจ้าริชาร์ดที่ 3 แท้จริงแล้วเธออยู่ที่ไหน บางทีเธออาจตามไปสมทบกับพระราชินีเอลิซาเบธผู้เป็นพี่สาวที่หลบภัยอยู่ในวิหารเวสต์มินสเตอร์ หรือไม่เธออาจถูกขังไว้ที่ไหนซักแห่งในลอนดอนในศาสนสถาน หรือไม่ก็อยู่ในครัวเรือนของขุนนางที่กษัตริย์ไว้ใจตามวิถีปฏิบัติทั่วไปของยุคนั้น วันที่ 24 เมษายน ค.ศ. 1484 พระเจ้าริชาร์ดได้พระราชทานเงิน 200 ปอนด์ต่อปีจากรายได้ของทอนบริดจ์ในเคนต์ให้แก่เธอ