กระทรวงคมนาคมสหพันธรัฐรัสเซีย (รัสเซีย: Министерство транспорта Российской Федерации) เป็นกระทรวงของประเทศรัสเซียซึ่งดูแลโดยรัฐบาลรัสเซีย มีหน้าที่รับผิดชอบในการพัฒนานโยบายกฎระเบียบทางกฎหมายเกี่ยวกับการบิน, การขนส่งทางทะเล, การขนส่งทางน้ำ, การขนส่งทางรถไฟ, การขนส่งทางถนน, การดูแลระบบรถไฟใต้ดินในเมือง และยานพาหนะเชิงพาณิชย์ภายในประเทศ กระทรวงยังมีหน้าที่ในการสำรวจและทำแผนที่เพื่อดูลักษณะทางภูมิศาสตร์ มีสำนักงานใหญ่อยู่ในกรุงมอสโกในช่วงวันที่ 9 มีนาคม พ.ศ. 2547 ถึง 20 พฤษภาคม พ.ศ. 2547 กระทรวงคมนาคมถูกรวมเข้ากับกระทรวงที่ชื่อว่า กระทรวงคมนาคมและการสื่อสารแห่งสหพันธรัฐรัสเซีย