กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องผ่าน (TEM) (อังกฤษ: Transmission Electron microscope) ประดิษฐ์ขึ้นครั้งแรกเมื่อปี พ.ศ. 2474 โดยเอิร์นท์ รุสกา และคณะ โดยวัตถุที่นำมาส่องต้องมีขนาดเล็ก และเฉือนให้บางมาก ๆ ประมาณ 60 ถึง 90 ไมโครเมตร เหมาะสำหรับการศึกษาโครงสร้างภายในของเซลล์ ภาพที่ปรากฏบนจอเรืองแสงเป็นภาพ 2 มิติ มีกำลังขยายสูงมากถึง 500,000 ถึง 1,000,000 เท่า นอกจากจะใช้ศึกษาสิ่งมีชีวิต ยังใช้สำหรับส่องรูปผลึกของสารต่าง ๆ ในการวิเคราะห์ทางเคมีได้