กองเรืออูที่ 29 (เยอรมัน: 29. U-Flottille; อังกฤษ: 29th U-boat Flotilla) ได้รับการก่อตั้งขึ้นในเดือนธันวาคม ค.ศ. 1941 ในลาสเปเซีย ที่ประเทศอิตาลี ภายใต้คำสั่งของคอร์เวทเทนคาพีเท็น ฟรันทซ์ เบ็คเคอร์ กองเรือที่ปฏิบัติการส่วนใหญ่อยู่ในเรืออูแบบ VII และมุ่งเน้นความพยายามเป็นหลักในทะเลเมดิเตอร์เรเนียน โดยต่อต้านกลุ่มเรือที่เดินทางพร้อมกันเป็นกลุ่มใหญ่ ในเดือนสิงหาคม ค.ศ. 1943 กองเรือกรีธาทัพสู่ตูลง แต่ก็มีเรืออูในมาร์แซย์และซาลามิสเช่นกัน กองเรือถูกปลดประจำการในกันยายน ค.ศ. 1944 เมื่ออู-407 จมลงในวันที่ 19 กันยายนและเรือกองเรือสองลำสุดท้ายคือเรืออู-565 และอู-596 ได้ถูกจมเรือในซาลามิส