การตั้งชื่อเอนไซม์ ได้ตกลงเป็นสากลว่า ชื่อของเอนไซม์จะต้องประกอบด้วยหน้าที่ของเอนไซม์แล้วลงท้ายด้วยคำว่า -เอส (-ase) ตัวอย่างเช่นไคเนส (Kinase) เป็นเอนไซม์ที่ทำหน้าที่เคลื่อนย้าย ฟอสเฟตกรุป เอนไซม์ต่างกันแต่ทำหน้าที่เหมือนกันจะมีชื่อพื้นฐานที่เหมือนกัน ดังนั้นจึงนำจุดสังเกตความแตกต่างในคุณสมบัติอื่นๆ มาประกอบ เช่น การใช้ pH ที่เหมาะสมมาประกอบ ตัวอย่างคือ "อัลคาไลน์ ฟอสฟาเทส" (alkaline phosphatase) หรือตำแหน่งที่มันอยู่ เช่น เมมเบรน เอทีเพส (membrane ATPase)ยิ่งไปกว่านั้น การย้อนกลับของปฏิกิริยาเคมี มีความหมายว่าทิศทางสรีรวิทยาของการทำงานของเอนไซม์อาจจะไม่สามารถสังเกตได้ในห้องทดลอง ทั้งนี้อาจจะเป็นเพราะว่า เอนไซมืตัวเดียวกันแต่ถูกตั้งชื่อแตกต่างกันป็นสองชื่อเช่นว่าหน่วยงานชีวเคมีและชีวโมเลกุลนานาชาติ ได้ช่วยกันพัฒนา การตั้งชื่อ (nomenclature) เอนไซม์ โดยใช้ หมายเลข อีซี(EC number); เอนไซม์แต่ละตัวจะถูกระบุโดยชุดของเลข 4 ตัว แล้วนำหน้าด้วย "EC" หมายเลขแรกเป็นชั้นของเอนไซม์ที่กำหนดโดยกลไกการทำงานของมัน: