การปฏิบัติการพิเศษ (อังกฤษ: Special Operation) คือ การปฏิบัติอย่างหนึ่งที่ไม่จัดให้มีการปฏิบัติในกรอบการปฏิบัติของหน่วยที่มีอยู่เดิมหรือโดยปกติ เป็นงานที่เกิดขึ้นใหม่ด้วยความริเริ่มในการแก้ไขปัญหา ซึ่งคุกคามและมีผลกระทบอย่างร้ายแรงต่อหน่วยงาน องค์กร หรือประเทศ โดยริเริ่มการปฏิบัตินับแต่ในขั้นเตรียมการ ปฏิบัติการและขั้นหลังการปฏิบัติ ทั้งนี้ ภัยคุกคามยังมีลักษณะขอบเขตอยู่เพียงความสนใจของผู้นำ ลักษณะขององค์กร และผลกระทบที่เกิดขึ้นมีความรุนแรงอย่างไร ดังนั้น การปฏิบัติการพิเศษจึงปรับเปลี่ยนไปตามรูปแบบขององค์กรและภัยคุกคามเป็นหลัก