การหาลำดับนิวคลีโอไทด์ด้วยวิธีอิลลูมินา (Illumina dye sequencing) เป็นเทคนิคที่ใช้ในการตรวจหาลำดับเบสในดีเอ็นเอ หรือที่รู้จักกันในนาม การหาลำดับดีเอ็นเอ (DNA sequencing) แนวคิดนี้คิดค้นโดย Bruno Canard และ Simon Sarfati และพัฒนาโดย Shankar Balasubramanian และ David Klenerman ซึ่งต่อมาได้ก่อตั้ง Solexa โดยบริษัท Illumina ซึ่งวิธีการหาลำดับเบสนี้ขึ้นอยู่กับการเกิดสีที่ปลายนิวคลีโอไทด์ (dye-terminators) ซึ่งช่วยให้ระบุชนิดของเบส (single bases) ในขณะที่นำเข้าสู่สาย DNA นอกจากนี้ยังสามารถใช้หาลำดับจีโนมและ region sequencing การวิเคราะห์ทรานสคริปโตม (transcriptome) การศึกษากลุ่มของสารพันธุกรรมทั้งหมดของกลุ่มประชากรจุลินทรีย์ในสิ่งแวดล้อมที่จำเพาะ การค้นพบการเติมหมู่เมทิลในดีเอ็นเอ (DNA methylation profiling) และการวิเคราะห์ปฏิสัมพันธ์ของกรดนิวคลีอิก โปรตีน และจีโนม[1][2]