ลักษณะการดำเนินเรื่องหลักคือการใช้มุกตลกในการดำเนินเรื่อง ต่อมาเมื่อฮิเดอากิเขียนการ์ตูนกินทามะเป็นปีที่สอง เขาเริ่มใส่ความเป็นดรามาลงในการ์ตูนกินทามะ โดยคงความเป็นการ์ตูนตลกไว้ มุกตลกส่วนมากในเรื่องมีลักษณะล้อเลียนวัฒนธรรม ตัวละคร วิดีโอเกม หรือการ์ตูนเรื่องอื่น

เนื้อเรื่องของกินทามะส่วนใหญ่จะจบในตอน แต่ก็มีเนื้อเรื่องบางช่วงจะมีเรื่องราวต่อเนื่องไปหลายตอน ซึ่งมักจะเน้นความเป็นดราม่าและแอ็กชัน เช่น ภาคการกำเนิดดาบเบนิซากุระ ซึ่งมีความยาวตั้งแต่เล่มที่ 11 ไปจนถึงเกือบครึ่งเล่ม 12 เลยทีเดียว ซึ่งภาคนี้ถูกนำไปสร้างเป็นภาพยนตร์กินทามะเรื่องแรกในชื่อ กินทามะ เดอะมูฟวี่ กำเนิดใหม่ดาบเบนิซากุระ (ญี่ปุ่น: 劇場版 銀魂 新訳紅桜篇 โรมาจิ: เงะคิโจบัง งิงทะมะ ชิงยะคุเบะนิซะคุระเฮ็ง) โดยมีตัวละครใหม่เพิ่มขึ้นมา และยังได้สอดแทรกอดีตของพวกกินโทกิในสมัยเด็กไว้เล็กน้อยด้วย