ไม่ปรากฏหลักฐานแน่ชัดว่าขรัวอินโข่งเรียนการเขียนภาพอย่างเป็นงานเป็นการจากที่ใดและเมื่อใด โดยเฉพาะในวัยเด็กและวัยหนุ่ม เข้าใจกันว่าอาศัยการมีพรสวรรค์และได้อาจได้หัดเขียนภาพแบบไทยกับช่างเขียนบางคนในสมัยนั้นจนเกิดความชำนาญขึ้น สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้ากรมพระยานริศรานุวดติวงศ์ทรงเล่าว่า ขรัวอินโข่งเป็นพระที่ชอบเก็บตัวไม่ค่อยยอมรับแขก มักชอบปิดกุฏิใส่กุญแจให้คนเห็นว่าไม่อยู่เพื่อใช้เวลาที่สงบทำสมาธิวางแนวเรื่องเพื่อใช้สำหรับเขียนภาพฝาผนังโบสถ์วิหารซึ่งในสมัยแรกๆ ยังคงเป็นภาพปริศนาธรรมแบบไทย