ข้อสังเกต: การแสดงในปัจจุบันบางครั้งก็จะตัดบทพูดบางตอนที่เห็นว่าเป็นบทพูดที่ดูถูกเพศหรือดูถูกผิว

องก์ที่ 1

ฉากที่ 1
หลังจากดนตรีนำแล้ว เนื้อเรื่องก็เริ่มขึ้นเมื่อทามิโนเจ้าชายหนุ่มผู้ถูกไล่ตามโดยพญางูจนหลงไปในดินแดนอันห่างไกล (ควอเท็ท: "Zu Hilfe! Zu Hilfe!") ล้มหมดสติลงด้วยความอ่อนล้า สตรีสามคนที่เป็นนางสนองพระโอษฐ์ของราชินีแห่งราตรีจึงปรากฏตัวและช่วยสังหารพญางู สตรีทั้งสามหลงรักรูปโฉมของทามิโนที่หมดสติอยู่ ต่างคนต่างก็หาทางให้อีกสองคนทิ้งไว้ให้ตนมีโอกาสอยู่ตามลำพังกับทามิโน หลังจากที่ถกเถียงกันแล้วก็ตกลงกันว่าวิธีที่ดีที่สุดคือทิ้งทามิโนไปพร้อมกันทั้งสามคน

ทามิโนฟื้นตัวขึ้นมา พาพาเกโนก็เข้ามาในเครื่องแต่งกายที่คล้ายนก และร้องบรรยายว่าตนเป็นคนจับนก และมีความคิดถึงภรรยา หรือ อย่างน้อยก็เพื่อนสตรี (ร้องเดี่ยว: "Der Vogelfänger bin ich ja") พาพาเกโนบอกทามิโนว่าตนเองพาพาเกโนเป็นผู้ทำการสังหารพญางูด้วยมือเปล่า ทันทีนั้นสตรีสามคนก็ปรากฏตัวขึ้นมาลงโทษพาพาเกโนโดยเอากุญแจล็อกปากพาพาเกโนไว้ แล้วสตรีทั้งสามก็บอกทามิโนว่าตนนั้นเป็นผู้รับผิดชอบในการช่วยชีวิตทามิโน และ ให้ยื่นภาพของสตรีสาวพามินาให้ทามิโนดู ทามิโนก็ตกหลุมรักพามินา�ทันทีที่ได้เห็น (ร้องเดี่ยว: "Dies Bildnis ist bezaubernd schön")

ราชินีแห่งราตรีที่มาปรากฏตัวก็บอกกับทามิโนว่าสาวสวยในภาพ ซึ่งมีชื่อว่า "พามินา" นั้น คือพระธิดาของตนเองที่ถูกซาราสโตรผู้เป็นศัตรูลักตัวไป ราชินีแห่งราตรีก็สั่งให้ทามิโนเดินทางไปยังเทวสถานเพื่อไปนำตัวพามินาคืนมา และสัญญากับทามิโนว่าจะให้แต่งงานกับพามินาถ้าทำได้ (ร้องพูดและร้องเดียว: "O zittre nicht, mein lieber Sohn") หลังจากที่ราชินีแห่งราตรีหายตัวไป สตรีทั้งสามก็มอบขลุ่ยวิเศษที่สามารถทำให้คนเปลี่ยนใจได้ให้แก่ทามิโน และไขกุญแจที่ปิดปากพาพาเกโนออก และมอบระฆังให้เพื่อให้พิทักษ์ตนเอง พาพาเกโนก็ถูกสั่งให้ติดตามไปช่วยทามิโนเอาตัวพามินากลับมา ทั้งสองคนจึงเริ่มเดินทาง (ร้องประสานเสียงห้า: "Hm hm hm hm") แล้วสตรีทั้งสามจึงแนะนำเด็กวิเศษสามคนให้ไปช่วยนำทางทามิโนและพาพาเกโนไปยังเทวสถาน

ฉากที่ 2: ท้องพระโรงในวังของซาราสโตร
พามินาถูกลากเข้าไปโดยโมโนสตาโตสผู้เป็นทาสชาวมัวร์ของซาราสโตร (ร้องประสานเสียงสาม: "Du feines Täubchen, nun herein!") พาพาเกโนผู้เดินทางไปทำการหาตัวพามินาล่วงหน้าก่อนเข้ามาในห้อง ทั้งพาพาเกโนและโมโนสตาโตสต่างก็มีความหวาดกลัวรูปลักษณ์อันแปลกประหลาดของกันและกัน ทั้งสองคนก็วิ่งหนีลงจากเวที แต่ไม่นานพาพาเกโนก็กลับเข้ามาใหม่และบอกพามินาว่าราชินีแห่งราตรีได้ส่งทามิโนมาช่วยเหลือ พามินาเต็มไปด้วยปิติยินดีเมื่อทราบว่าทามิโนหลงรักตนเอง และแสดงความเห็นอกเห็นใจและให้ความหวังแก่พาพาเกโนผู้อยากจะมีสตรีเอาไว้รัก ทั้งสองคนจึงร้องเพลงแสดงความรัก (ร้องประสานเสียงสอง: "Bei Männern welche Liebe fühlen") จากนั้นทั้งสองคนก็แยกกัน

ฉากที่ 3: สวนและทางเข้าเทวสถาน
เด็กวิเศษสามคนก็นำทามิโนไปยังเทวสถานของซาราสโตร และรับรองว่าถ้าทามิโนมีความตั้งมั่นแล้วก็จะสามารถนำตัวพามินาคืนมาได้ เมื่อไปถึงเทวสถานทามิโนก็ไม่ได้รับการอนุญาตให้เข้าที่ประตูแห่งธรรมชาติและเหตุผล โดยเสียงที่ประกาศออกมาโดยไม่เห็นตัวเจ้าของเสียงร้องว่า "กลับไป!" แต่เมื่อทามิโนพยายามเข้าทางประตูแห่งสติปัญญา นักบวชสูงอายุก็ปรากฏตัวขึ้นและพยายามหว่านล้อมให้ทามิโนเชื่อว่าซาราสโตรเป็นผู้มีความเมตตากรุณาและไม่ได้เป็นคนชั่วร้ายอย่างที่เข้าใจกัน และความเห็นของสตรีทั้งหลายนั้นไม่ควรจะเป็นสิ่งที่ทามิโนเอามาเชื่อถือ เมื่อนักบวชออกไปแล้วทามิโนก็เป่าขลุ่ยวิเศษโดยหวังจะเรียกตัวพามินาและพาพาเกโน แต่เสียงของขลุ่ยวิเศษกลับไปเรียกสัตว์วิเศษที่เชื่องมา จากนั้นทามิโนก็ได้ยินเสียงดนตรีที่พาพาเกโนเป่าอยู่นอกเวทีเป็นการตอบเสียงขลุ่ยของทามิโน พาพาเกโนรู้สึกดีใจที่จะได้พบพามินาและทามิโนจึงรีบวิ่งไป

พาพาเกโนปรากฏตัวกับพามินาตามเสียงขลุ่ยของทามิโนมาแต่ไกล แต่ในทันทีทันใดทั้งสองคนก็ถูกจับตัวโดยโมโนสตาโตสและทาส พาพาเกโนจึงพยายามหว่านมนต์ขลังต่อทาสโดยการสั่นกระดิ่ง ทาสต้องมนต์ขลังของกระดิ่งต่างก็เต้นรำไปตามจังหวะของกระดิ่งจนออกจากเวทีไป

พาพาเกโนได้ยินเสียงซาราสโตรกับผู้ติดตามเข้ามาใกล้ขึ้นทุกขณะ พาพาเกโนมีความตกใจเป็นอันมากและถามพามินาว่าควรจะพูดอย่างไร พามินาก็ตอบว่าจะต้องพูดความจริง ซาราสโตรกับผู้ติดตามเข้ามาบนเวที

ด้วยความตกตลึงในความยิ่งใหญ่งดงามของซาราสโตร พามินาจึงหมอบลงที่เท้าและสารภาพว่าตนเองกำลังพยายามที่จะหนี เพราะโมโนสตาโตสพยายามบังคับให้ตนรัก ซาราสโตรก็รับรองพามินาเป็นอย่างดี และบอกพามินาว่าตนจะไม่บังคับใจพามินา แต่ก็ไม่อาจจะให้เสรีภาพหรือปล่อยให้กลับไปหามารดาได้ เพราะพามินาต้องมีชายเป็นผู้นำ

โมโนสตาโตสเข้ามาพร้อมกับทามิโนที่เป็นนักโทษ เมื่อพามินาและทามิโนพบหน้ากันเป็นครั้งแรก ทั้งสองก็สวมกอดกันและกันซึ่งสร้างความขุ่นเคืองให้แก่ผู้ติดตามของซาราสโตร โมโนสตาโตสพยายามกล่าวโทษทามิโน แต่ซาราสโตรลงโทษโมโนสตาโตสเพราะความต้องการในตัวพามินาของซาราสโตร และนำทามิโนและพาพาเกโนเข้าไปในเทวสถานแห่งการทดสอบ

องก์ที่ 2

ฉากที่ 4: ป่าต้นปาล์ม
สภานักบวชแห่งเทพไอสิสและโอซีริสนำโดยซาราสโตรเข้ามาในเทวสถาน และเรียกร้องให้ทามิโนและพามินาแต่งงานกัน และให้ทามิโนเป็นประมุขสืบต่อจากซาราสโตรถ้าผ่านการทดสอบ ซาราสโตรอธิบายว่าราชินีแห่งราตรีพยายามที่จะหว่านล้อมผู้คนด้วยความเชื่องมงายและความกลัวอันไม่มีเหตุผล แล้วซาราสโตรก็ร้องเพลงสวดมนต์แด่เทพไอสิสและโอซีริส และขอให้เทพทั้งสองพระองค์พิทักษ์ทามิโนและพามินา และให้นำไปยังสวรรคสถานถ้าทั้งสองคนเสียชีวิตระหว่างการทดสอบ ("O Isis und Osiris")

ฉากที่ 5: ลานเทวสถานแห่งการทดสอบ
ทามิโนและพาพาเกโนถูกนำตัวไปยังเทวสถาน นักบวชเตือนทามิโนว่าโอกาสนี้เป็นโอกาสสุดท้ายที่จะเปลี่ยนใจได้ แต่ทามิโนก็ยืนกรานสัญญาว่าจะยอมดำเนินการทดสอบต่างๆ ทุกอย่างเพื่อที่จะให้ได้พามินา ตอนแรกพาพาเกโนก็ปฏิเสธไม่ยอมผ่านการทดสอบ โดยกล่าวว่าตนเองไม่คำนึงถึงคุณค่าของสติปัญญาและความรู้แจ้งเท่าใดนัก สิ่งที่ต้องการเพียงอย่างเดียวคืออาหาร, เหล้าองุ่น และ สตรี นักบวชบอกกับพาพาเกโน ว่าซาราสโตรอาจจะมีสตรีไว้ให้ถ้ายอมทำการทดสอบ และสตรีผู้นี้มีชื่อว่าพาพาเกนา พาพาเกโนจึงยอมตกลงอย่างไม่ค่อยเต็มใจเท่าใดนัก

การทดสอบขั้นแรกระบุว่าทามิโนและพาพาเกโนต้องไม่พูดจาโต้ตอบใดๆ ทั้งสิ้นเมื่อถูกยั่วยวนหรือขู่เข็ญโดยสตรี (ร้องประสานเสียงคู่, นักบวชสององค์) สตรีสามคนมาปรากฏตัวและพยายามยั่วให้ทามิโนและพาพาเกโนพูด (ร้องประสานเสียงห้า: "Wie, wie, wie") พาพาเกโนยับยั้งตนเองไม่ได้ แต่ทามิโนยังคงไม่ยอมพูด และเมื่อพูดก็จะพูดกับพาพาเกโนเท่านั้น และถึงจะพูดก็เพียงแต่บอกให้พาพาเกโนหุบปาก เมื่อเห็นว่าทามิโนไม่ยอมพูดกับตน สตรีสามคนก็จากไปด้วยความงงงวย

นักบวชแสดงความยินดีกับทามิโนที่ผ่านการทดสอบขั้นแรกสำเร็จ นักบวชอีกองค์หนึ่งด่าว่าพาพาเกโนว่าอ่อนแอ และกล่าวว่าจะไม่มีวันที่จะบรรลุถึงพระเจ้าได้ พาพาเกโนโต้ว่ามีคนในโลกมากมายที่เหมือนกับตนที่ไม่มีโอกาสที่จะบรรลุ แต่ก็เป็นผู้ที่มีความสุข และถามว่าทำไมตนจึงต้องผ่านการทดสอบด้วย ในเมื่อซาราสโตรก็มีสตรีเตรียมไว้ให้ตนอยู่แล้ว นักบวชก็ตอบว่านี่เป็นวิธีเดียว

ฉากที่ 6: ในสวน, พามินาหลับ
โมโนสตาโตสเดินเข้ามาและจ้องมองพามินาด้วยความหลงใหล (ร้องเดี่ยว: "Alles fühlt der Liebe Freuden") และเกือบจะจูบใบหน้าที่กำลังหลับของพามินาเมื่อราชินีแห่งราตรีปรากฏตัวและทำให้โมโนสตาโตสตระหนกจนหนีออกไป ราชินีแห่งราตรีจึงปลุกพามินาและมอบกริชให้และสั่งให้พามินาใช้สังหารซาราสโตร (ร้องเดี่ยว: "Der Hölle Rache kocht in meinem Herzen") หลังจากที่ราชินีออกไปแล้ว โมโนสตาโตสก็กลับเข้ามาอีก และพยายามบังคับให้พามินารักตน โดยขู่ว่าจะเปิดเผยแผนการฆาตกรรม แต่ซาราสโตรเข้ามาทันและไล่โมโนสตาโตสออกไป ซาราสโตรยกโทษให้พามินาและทำการปลอบใจ (ร้องเดี่ยว: "In diesen heil'gen Hallen")

ฉากที่ 7: ห้องโถงในเทวสถานแห่งการทดสอบ
ทามิโนและพาพาเกโนต้องผ่านการทดสอบโดยการไม่พูดอีกครั้งหนึ่ง แต่ครั้งนี้ยากกว่าเดิม โดยพามินาเข้ามาและพยายามพูดกับทามิโน ในเมื่อทามิโนไม่ยอมโต้ตอบ พามินาก็เชื่อว่าทามิโนไม่รักตนต่อไปอีกแล้ว (ร้องเดี่ยว: "Ach, ich fühl's, es ist verschwunden") พามินาจึงออกจากห้องด้วยความระทมทุกข์

ฉากที่ 8: พีระมิด
นักบวชแสดงความยินดีกับทามิโนที่ผ่านการทดสอบ และทำนายว่าจะประสบความสำเร็จและควรค่าต่อคำสั่งของตน (ประสานเสียง: "O Isis und Osiris") ซาราสโตรแยกพามินาและทามิโน (ร้องประสานเสียงสาม: ซาราสโตร, พามินา, ทามิโน – "Soll ich dich, Teurer, nicht mehr sehn?") ตัวละครออกจากฉาก พาพาเกโนเข้ามา พาพาเกโนเล่นระฆังวิเศษและร้องเพลงเกี่ยวกับสตรีที่ตนต้องการเล่น (ร้องเดี่ยว, พาพาเกโน: "Ein Mädchen oder Weibchen") สตรีชราปรากฏตัวต่อหน้าพาพาเกโน และเรียกร้องให้พาพาเกโนสัญญาว่าจะหมั้นกับตน และเตือนว่าถ้าไม่ทำก็จะเป็นโสดไปจนตลอดชีวิต ด้วยความไม่ค่อยเต็มใจพาพาเกโนก็ยอมสัญญาว่าจะรักภักดีสตรีชรา สตรีชราจึงกลายเป็นสตรีสาวผู้มีความงดงาม--พาพาเกนา แต่เมื่อพาพาเกโนพยายามวิ่งเข้าไปกอด นักบวชก็ขับไล่พาพาเกนาด้วยฟ้าร้องฟ้าผ่า

ฉากที่ 9: ลาน

เมื่อเด็กวิเศษสามคนเห็นพามินาพยายามฆ่าตัวตายเพราะเชื่อว่าทามิโนทิ้งตน เด็กก็ดึงรั้ง และยึดกริชจากมือของพามินา และรับรองกับพามินาว่าจะได้พบกับทามิโนภายในเวลาอันไม่นานนัก (ร้องประสานเสียงสี่: "Bald prangt, den Morgen zu verkünden").

ฉากที่ 10: ห้องโถงหรือห้องที่มีประตูสองประตู: ประตูหนึ่งนำไปยังห้องทดสอบด้วยน้ำ และ อีกห้องหนึ่งเป็นถ้ำไฟ
ชายใส่เสื้อเกราะสองคนนำตัวทามิโนขึ้นมาบนเวที ทามิโนประกาศว่าตนพร้อมแล้วที่เข้าสู่การทดสอบ แต่พามินาร้องเรียกมาแต่ไกลให้คอยตนด้วย ชายใส่เสื้อเกราะยืนยันกับทามิโนว่าการทดสอบโดยการเงียบนั้นเรียบร้อยไปแล้ว และทามิโนสามารถพูดกับพามินาได้ พามินาก็เข้ามาและร้องเพลงประกาศความรักต่อกันกับทามิโน ("Tamino mein, o welch ein Glück!") จากนั้นทั้งสองคนก็เข้าสู่การทดสอบด้วยกัน และสามารถผ่านทั้งห้องทดสอบด้วยน้ำและห้องทดสอบด้วยไฟได้โดยใช้ขลุ่ยวิเศษช่วย

พาพาเกโนหมดหวังในการได้พาพาเกนาพยายามแขวนคอตนเอง (ร้องเดี่ยว/ประสานเสียงสี่: "Papagena! Papagena! Papagena!") แต่ในนาทีสุดท้ายเด็กวิเศษก็เข้ามาปรากฏตัวและแนะว่าพาพาเกโนควรจะใช้กระดิ่งวิเศษเรียกตัวพาพาเกนา พาพาเกนากลับเข้ามา ทั้งสองคนต่างก็ปิติยินดีที่ได้เห็นกันจนพูดเหมือนคนติดอ่าง ("pa … pa … pa") ด้วยความงงงวย (ร้องประสานเสียงสอง: "Papageno! Papagena!").[7]

โมโนสตาโตสผู้ทรยศปรากฏตัวต่อหน้าราชินีแห่งราตรีและข้าราชบริพาร วางแผนที่จะทำลายเทวสถาน ("Nur stille, stille") แต่ก็ถูกสาปแช่งให้เข้าไปในราตรีกาลอันไม่มีที่สิ้นสุด

ฉากเปลี่ยนไปเป็นทางเข้าเทวสถานเอก ที่ซาราสโตรกล่าวต้อนรับทามิโนและพามินา เพลงสุดท้ายเป็นเพลงสรรเสริญทามิโนและพามินาที่อดทนและมีความพยายามในการผ่านการทดสอบ และแสดงความขอบคุณพระเจ้า