ประวัติของหนังสือเล่มนี้ยังมีส่วนที่ไม่แน่ชัดนัก[8] เนื่องจากเนื้อหาของหนังสือไม่ตรงกับตำราอื่น ๆ ที่เป็นที่รู้จักและยังไม่มีใครตีความได้ สิ่งที่สามารถช่วยระบุอายุและต้นกำเนิดของข้อเขียนวอยนิชได้ในตัวหนังสือเองจึงมีเพียงภาพประกอบ ซึ่งภาพการแต่งกายของสตรีและปราสาทซึ่งปรากฏในแผนผังนั้นมีลักษณะของยุโรปอย่างชัดเจน ซึ่งทำให้ผู้เชี่ยวชาญประมาณปีที่ประพันธ์ไว้ว่าเป็นช่วง พ.ศ. 1993 ถึง พ.ศ. 2063

ผู้ครอบครองข้อเขียนวอยนิชคนแรกที่สามารถยืนยันได้ก็คือ จอร์จ บาเรสช์ (อังกฤษ: George Baresch) นักเล่นแร่แปรธาตุผู้อาศัยอยู่ในเมืองปรากในช่วงแรกของคริสต์ศตวรรษที่ 17 ซึ่งดูเหมือนว่าบาเรสช์เองก็ไม่ทราบว่าหนังสือเล่มนี้มีความหมายอย่างไร และเรียกข้อเขียนวอยนิชว่าเป็น "สฟิงซ์" ซึ่ง "นั่งอยู่อย่างไร้ประโยชน์ในห้องสมุดของเขา"[9] เมื่อทราบเรื่องที่ อธานาเซียส คิรเชอร์ (อังกฤษ: Athanasius Kircher) บัณฑิตลัทธิเยซูอิตได้เผยแพร่พจนานุกรมภาษาคอปติคของชาวเอธิโอเปียนและไขความหมายของไฮโรกลิฟ บาเรสช์ได้ส่งตัวอย่างของหนังสือไปให้คิรเชอร์ที่โรมเพื่อขอคำแนะนำ จดหมายของบาเรสช์ถึงคิรเชอร์ในปี พ.ศ. 2182 เป็นหลักฐานแรกที่กล่าวถึงหนังสือเล่มนี้ที่ค้นพบในปัจจุบัน

คิรเชอร์นั้นสนใจหนังสือเล่มนี้ แต่บาเรสช์ปฏิเสธที่จะมอบหนังสือทั้งเล่มให้ เมื่อบาเรสช์เสียชีวิต หนังสือได้อยู่ในการครอบครองของ โยฮันเนส มาคัส มาร์ซี (อังกฤษ: Johannes Marcus Marci) ซึ่งขณะนั้นเป็นอธิบดีของมหาวิทยาลัยชาร์ลในปราก ก่อนจะมอบให้คิรเชอร์อีกที จดหมายของมาร์ซีนั้นยังอยู่ในหนังสือ

ไม่มีหลักฐานใด ๆ เกี่ยวกับข้อเขียนวอยนิชอีกตลอด 200 ปีหลังจากนั้น เชื่อได้ว่าหนังสือเล่มนี้ได้รับการเก็บไว้ที่วิทยาลัยโรมาโน (ปัจจุบันคือมหาวิทยาลัยแห่งสันตะปาปาเกรกอเรียน) ร่วมกับหนังสือเล่มอื่น ๆ ของคิรเชอร์ จนกระทั่ง พระเจ้าวิคเตอร์เอ็มมานูเอลที่ 2 แห่งอิตาลี ได้เข้ายึดเมืองในปี พ.ศ. 2413 ซึ่งรัฐบาลอิตาลีได้เข้ายึดทรัพย์สินของศาสนจักรไปมากมาย แต่ศาสนจักรก็ได้แอบขนย้ายตำราต่าง ๆ ไปไว้ในห้องสมุดส่วนตัวของเหล่าอธิการก่อนแล้ว หนึ่งในหนังสือเหล่านั้นก็คือข้อเขียนวอยนิช ซึ่งปัจจุบันยังมีป้ายชื่อห้องสมุดของ เปตรัส เบคซ์ (อังกฤษ: Petrus Beckx) หัวหน้าคณะเยซูอิตและอธิบดีของวิทยาลัยในขณะนั้น

ปี พ.ศ. 2409 ห้องสมุดส่วนตัวของเบคซ์ได้ย้ายไปยังวังวิลล่ามอนดราโกนในฟราสคาตีของลัทธิเยซูอิต ซึ่งเป็นศูนย์ของสถาบันกิสเลียริ ในปี พ.ศ. 2455 วิทยาลัยโรมาโนได้ประสพปัญหาด้านการเงินและได้ขายตำราบางส่วน วิลฟริด วอยนิชได้ซื้อหนังสือจากวิทยาลัยจำนวน 30 เล่ม ซึ่งหนึ่งในนั้นก็คือข้อเขียนวอยนิช เมื่อวอยนิชเสียชีวิตในปี พ.ศ. 2473 เอเธล ลิเลียน วอยนิช (อังกฤษ: Ethel Lilian Voynich) ผู้เป็นภรรยาได้เก็บหนังสือเล่มนี้ไว้จนกระทั่งเสียชีวิตในปี พ.ศ. 2503 และได้มอบข้อเขียนวอยนิชให้นางสาว แอน นิล แอน นิลได้ขายหนังสือเล่มนี้ให้พ่อค้าหนังสือเก่าอีกคนคือ ฮันส์ พี. เคราส์ (อังกฤษ: Hans P. Kraus) ซึ่งในที่สุดได้บริจาคข้อเขียนวอยนิชให้มหาวิทยาลัยเยล ในปี พ.ศ. 2512