ในจดหมายที่มาร์วีส่งถึงคิรเชอร์ได้ระบุว่า ราฟาเอล มนิชอฟสกี้ (อังกฤษ: Raphael Mnishovsky) ได้อ้างว่า จักรพรรดิรูดอล์ฟที่สอง สมเด็จพระจักรพรรดิแห่งโรมันอันศักดิ์สิทธิ์และกษัตริย์แห่งโบฮีเมียเคยซื้อหนังสือเล่มนี้ด้วยราคา 600 ดูคัท จดหมายได้อ้างว่าจักรพรรดิรูดอล์ฟเชื่อว่าผู้ประพันธ์ข้อเขียนวอยนิชก็คือพหูสูตและนักบวชแห่งลัทธิฟรานซิสกัน โรเจอร์ เบคอน (อังกฤษ: Roger Bacon)

วอยนิชเชื่อว่าเบคอนเป็นผู้ประพันธ์หนังสือเล่มนี้อย่างจริงจังและได้พยายามหาข้อพิสูจน์มาตลอด วอยนิชสรุปว่าผู้ที่ขายหนังสือเล่มนี้ให้รูดอล์ฟก็คือจอห์น ดี (อังกฤษ: John Dee) นักคณิตศาสตร์และดาราศาสตร์ในการอุปถัมป์ของ สมเด็จพระราชินีนาถเอลิซาเบธที่ 1 แห่งอังกฤษ ซึ่งเป็นผู้ที่ครอบครองข้อเขียนของเบคอนไว้เป็นจำนวนมาก ทฤษฎีนี้ได้รับการสนับสนุนจากผู้ศึกษาข้อเขียนวอยนิชคือ กอร์ดอน รักก์ (อังกฤษ: Gordon Rugg) ดีและเอ็ดเวิร์ด เคลลี (อังกฤษ: Edward Kelley) ซึ่งเป็นผู้ช่วยได้อาศัยอยู่ในโบฮีเมียเป็นเวลานานเพื่อหวังว่าจะได้เสนอตัวรับใช้จักรพรรดิ แต่บันทึกของดีเองไม่เคยได้ระบุถึงเรื่องนี้

เอ็ดเวิร์ด เคลลีนั้นเป็นนักเล่นแร่แปรธาตุซึ่งศึกษาด้วยตัวเองและอ้างว่าสามารถเปลี่ยนทองแดงให้เป็นทองคำได้ด้วยผงพิเศษซึ่งขุดมาจากหลุมฝังศพของบิชอปในเวลส์ เคลลียังอ้างว่าตนสามารถติดต่อกับเทวทูตได้ซึ่งดีได้บันทึกข้อความที่เคลลีอ้างว่าตนสนทนากับเทวทูตไว้ด้วย ภาษาที่เทวทูตใช้นั้นเรียกว่า เอนอคเชียน ตาม เอนอค บรรพบุรุษของโนอาห์ ซึ่งตำนานกล่าวว่าเคยขึ้นไปยังสวรรค์และเขียนหนังสือเล่าสิ่งที่ได้เห็นที่นั่น จึงมีความเป็นไปได้ว่าเคลลีอาจเป็นผู้เขียนข้อเขียนวอยนิชเพื่อประกอบภาษาเอนอคเชียนของตนให้น่าเชื่อถือ

วอยนิช

ทฤษฎีหนึ่งอ้างว่าวอยนิชเป็นผู้ทำปลอมข้อเขียนวอยนิชเองโดยใช้ประสบการณ์ในฐานะที่เป็นพ่อค้าหนังสือโบราณ เนื่องจากข้อเขียนของเบคอนนั้นจะมีมูลค่าอย่างมาก แต่จดหมายถึงคิรเชอร์นั้นทำให้ทฤษฎีนี้ไม่น่าจะเป็นไปได้[10] ฝ่ายผู้สนับสนุนทฤษฎีนี้อ้างว่าจดหมายของบาเรสช์และมาร์ซีเพียงแต่ระบุถึงหนังสือ ซึ่งอาจจะไม่ใช่ข้อเขียนวอยนิชก็ได้ และเป็นไปได้ว่าจดหมายเหล่านั้นอาจเป็นแรงจูงใจให้วอยนิชทำปลอมข้อเขียนวอยนิชก็ได้เช่นกัน

แต่เนื่องจากวอยนิชและภรรยาไม่เคยพยายามขายข้อเขียนวอยนิชเลย หากวอยนิชต้องการชื่อเสียงมากกว่าเงินทอง ภรรยาหม้ายของวอยนิชก็ควรจะขายหนังสือไปหลังจากที่วอยนิชเสียชีวิตแล้ว ทำให้ทฤษฎีนี้ขาดความน่าเชื่อถืออย่างมาก ผู้ที่ได้ศึกษาข้อเขียนวอยนิชส่วนใหญ่ก็ไม่เชื่อว่าวอยนิชจะเป็นผู้เขียนตำราเล่มนี้เอง

ทฤษฎีอื่น ๆ

วอยนิชเองเคยถ่ายสำเนาหน้าแรกของหนังสือเล่มนี้และพบร่องรอยการเขียนจาง ๆ ที่ถูกลบออก ด้วยกระบวนการทางเคมีทำให้สามารถอ่านได้ว่าเป็นชื่อ "Jacobj `a Tepenece" ซึ่งเชื่อว่าน่าจะหมายถึง ยาโคบัส ซินาเพียส (อังกฤษ: Jacobus Sinapius) ซึ่งเป็นผู้เชี่ยวชาญด้านยาสมุนไพรและแพทย์ส่วนพระองค์ของจักพรรดิรูดอล์ฟที่สอง วอยนิชนั้นเชื่อว่าลายเซ็นนี้แสดงว่ายาโคบัสน่าจะเคยเป็นเจ้าของหนังสือเล่มนี้ก่อนบาเรสช์ และเป็นหลักฐานสนับสนุนทฤษฎีของมนิชอฟสกี้ บ้างก็เชื่อว่ายาโคบัสอาจเป็นผู้ประพันธ์ข้อเขียนวอยนิชเอง

ทว่าลายเซ็นนี้กลับไม่ตรงกับของยาโคบัส[11] เป็นไปได้ว่าข้อความที่ถูกลบนี้ อาจเป็นเจ้าของหรือผู้ที่อ่านหนังสือเล่มนี้เขียนเป็นการคาดเดาถึงผู้ประพันธ์เท่านั้น ในปัจจุบัน ลายเซ็นนี้ได้เลือนจนแทบมองไม่เห็นในปัจจุบันเนื่องจากกระดาษเสื่อมเพราะสารเคมีที่วอยนิชใช้ มีผู้สงสัยว่าลายเซ็นนี้อาจเป็นเรื่องที่วอยนิชกุขึ้นเพื่อให้ทฤษฎีที่เบคอนเป็นผู้ประพันธ์มีน้ำหนักมากขึ้น

อีกทฤษฎีหนึ่งกล่าวว่า มาร์ซีนั้นรู้จักกับคิรเชอร์ขณะที่พยายามให้มหาวิทยาลัยชาร์ลเป็นอิสระจากอิทธิพลของลัทธิเยซูอิต ซึ่งได้ดูแลสถาบันเคลเมนตินัมในปราก ซึ่งต่อมาได้รวมเข้ากับมหาวิทยาลัยชาร์ลภายใต้การบริหารของคณะเยซูอิต จึงมีความเป็นไปได้ว่ามาร์ซีนั้นอาจทำข้อเขียนวอยนิชขึ้นมาเพื่อหาทางลดทำลายชื่อเสียงของคิรเชอร์เป็นการแก้แค้น จดหมายของบาเรสช์นั้นคล้ายกับจดหมายที่ แอนเดรียส มิวเลอร์ (อังกฤษ: Andreas Mueller) เคยเขียนข้อความปลอมและส่งไปให้คิรเชอร์แปลเป็นการกลั่นแกล้งมาก บาเรสช์เองยังเป็นบุคคลซึ่งไม่มีชื่อเสียง นอกจากจดหมายเกี่ยวกับข้อเขียนวอยนิชสามฉบับแล้วก็ไม่มีหลักฐานยืนยันว่าเขาเคยมีตัวตนอยู่จริง ๆ เลย อีกทั้งคิรเชอร์และมาร์ซีเองก็ไม่ได้มีการติดต่อกันทางวิชาการอีกเลยหลังจากที่มาร์ซีส่งข้อเขียนวอยนิชให้แล้ว อย่างไรก็ตาม เรื่องความแค้นของมาร์ซีนี้เป็นเพียงการคาดเดาที่ไม่มีหลักฐานรองรับ มาร์ซีเองยังเป็นคริสต์ศาสนิกชนผู้มีศรัทธาและได้ศึกษาจนกระทั่งได้รับเกียรติเป็นสมาชิกคนหนึ่งของคณะเยซูอิตก่อนจะเสียชีวิตไม่นานนัก

ราฟาเอล มนิชอฟสกี้ซึ่งเป็นผู้บอกมาร์ซีว่าหนังสือเล่มนี้แต่งโดยเบคอนนั้น เป็นนักรหัสวิทยาและยังเคยอ้างว่าได้สร้างรหัสซึ่งไม่มีใครสามารถถอดความได้ในปี พ.ศ. 2161 จึงเป็นไปได้ว่ามนิชอฟสกี้อาจเขียนข้อเขียนวอยนิชและทดลองโดยหลอกให้บาเรสช์พยายามถอดรหัส เมื่อคิรเชอร์ได้เผยแพร่พจนานุกรมคอปติค มนิชอฟสกี้อาจจะคิดว่าการหลอกคิรเชอร์ได้นั้นน่าจะเป็นความสำเร็จที่ยิ่งใหญ่กว่าและแนะนำให้บาเรสช์ขอความช่วยเหลือจากคิรเชอร์ เรื่องที่เบคอนเป็นผู้ประพันธ์ก็อาจเป็นมนิชอฟสกี้กุขึ้นและมาร์ซีเองก็สงสัยเรื่องนี้ แต่ในปัจจุบันก็ยังไม่มีหลักฐานใด ๆ สนับสนุนทฤษฎีนี้

นิค เพลลิง (อังกฤษ: Nick Pelling) ได้เสนอทฤษฎีจากการโยงหลักฐานต่าง ๆ เข้าด้วยกันว่า ผู้ประพันธ์ข้อเขียนวอยนิชก็คือ สถาปนิกยุคฟื้นฟูศิลปวิทยาอิตาลี อันโตนิโอ อเวอร์ลิโน (อังกฤษ: Antonio Averlino)[4] ตามทฤษฎีของเพลลิงนั้น อเวอร์ลิโนได้หาทางเดินทางไปยังคอนสแตนติโนเปิลในช่วงปี พ.ศ. 2008 และได้เข้ารหัสข้อมูลด้านวิศวกรรมไว้ในเนื้อหาของข้อเขียนวอยนิชเพื่อที่จำนำความรู้ของตนไปยังจักรวรรดิออตโตมันโดยที่ทหารยามชาวเวเนเชียนจับไม่ได้ เพลลิงเสนอว่าเนื้อหาหลาย ๆ ส่วนของข้อเขียนวอยนิชนั้นไม่มีความหมายใด ๆ นอกจากมีไว้เพื่อปกปิดเนื้อหาที่แท้จริงและทำให้ผู้พยายามถอดรหัสสับสนเท่านั้น