อินเดียเป็นประเทศเกษตรโดยมีประชากร 60% ที่มีรายได้โดยตรงหรือโดยอ้อมจากเกษตรกรรมระหว่างปี 2538-2556 มีเกษตรกร 296,438 คนที่ฆ่าตัวตาย หรือโดยเฉลี่ย 16,469 คนต่อปี[482]ในช่วงเวลาเดียวกัน มีคน 9.5 ล้านคนที่ตายต่อปีในอินเดียจากเหตุอื่น ๆ รวมทั้งทุพโภชนาการ โรค การฆ่าตัวตายที่ไม่เกี่ยวกับเกษตร หรือประมาณ 171 ล้านคนในช่วงเวลาเดียวกัน[483]นักปฏิบัติการและนักวิชาการให้เหตุผลที่ขัดแย้งกัน เช่น เพราะมรสุม เพราะมีหนี้มาก เพราะ GMO เพราะนโยบายของรัฐ เพราะสุขภาพจิตที่ไม่ดี เพราะเรื่องส่วนตัว และเพราะปัญหาทางครอบครัว[484][485][486]มีแม้กระทั่งการโจทว่า รัฐต่าง ๆ ทำข้อมูลการฆ่าตัวตายของเกษตรกรลวง[487]

ฝ้ายแปรพันธุกรรมในรัฐมหาราษฏระ กรณาฏกะ และทมิฬนาฑู เพิ่มผลผลิตโดยเฉลี่ย 42% ในปี 2545 ซึ่งเป็นปีแรกที่ใช้เพาะปลูกโดยทั่ว ๆ ไปแต่ว่า ความแห้งแล้งอย่างรุนแรงในรัฐอานธรประเทศในปีเดียวกันไม่ได้เพิ่มผลผลิตในรัฐ เพราะว่าไม่ใช่พันธุ์ทนแล้ง[488]แต่พันธุ์ทนแล้งก็ได้พัฒนาขึ้นในภายหลัง และโดยปี 2554 88% ของฝ้ายทั้งหมดมาจากพืชดัดแปรพันธุกรรม โดยหลักเพราะเสียหายจากแมลงน้อย[489]แม้ว่าจะมีข้อมูลที่ไม่ลงรอยกัน[490]แต่ก็มีหลักฐานว่าเกษตรกรฝ้ายแปรพันธุกรรมได้ผลประโยชน์ทั้งทางเศรษฐกิจและทางสิ่งแวดล้อม[491][492]งานวิจัยระหว่างปี 2545-2551 เกี่ยวกับผลทางเศรษฐกิจของฝ้ายแปรพันธุกรรมในอินเดียพบว่า ฝ้าย Bt ให้ผลผลิตที่สูงขึ้น ให้กำไรที่มากขึ้น และเพิ่มมาตรฐานการครองชีพของเกษตรกรรายย่อย ๆ[493]แต่ว่า ในเมื่อเร็ว ๆ นี้ หนอนฝ้ายพันธุ์ Helicoverpa armigera เกิดดื้อยาที่ผลิตโดยฝ้าย Btดังนั้น ในปี 2555 รัฐมหาราษฏระจึงให้เลิกปลูกฝ้าย Bt แล้วสั่งให้นักวิชาการอิสระทำการศึกษาทางสังคมเศรษฐกิจ[494]ในเดือนตุลาคม 2552 องค์กรควบคุมของรัฐอนุมัติมะเขือยาว Btแต่ต่อมาภายหลังการประท้วงจากนักวิทยาศาสตร์บางพวก กลุ่มเกษตรกรและสิ่งแวดล้อม จึงระงับการอนุมัติชั่วคราวเริ่มที่เดือนกุมภาพันธ์ 2553 เป็นช่วงระยะเวลา "ที่จำเป็นเพื่อสร้างความเชื่อใจและความมั่นใจให้แก่ประชาชน"[495][496][497]

โดยวันที่ 1 มกราคม 2556 อาหารที่มี GMO ต้องขึ้นป้ายคือมีกฎว่า "อาหารทุกชุดที่มีอาหารแปรพันธุกรรมจะต้องมีอักษรว่า 'GM' ที่ด้านบนสุดของป้ายหลัก" โดยมีผลต่อผลิตภัณฑ์ 19 ชนิดรวมทั้งขนมปัง ธัญพืช ถั่ว และอื่น ๆ[498]แต่กฎหมายนี้มีการคัดค้านทั้งจากกลุ่มพิทักษผู้บริโภคและจากอุตสาหกรรมอาหารสำเร็จรูป โดยทั้งสองเป็นห่วงว่าไม่มีการออกกฎเกณฑ์ที่ช่วยในการบังคับกฎหมาย[420][498]วันที่ 21 มีนาคม 2557 รัฐบาลอินเดียอนุมัติพืชผลแปรพันธุกรรม 10 ชนิดอีกครั้ง แล้วอนุญาตให้ทดสอบพืชแปรพันธุกรรมภาคสนามรวมทั้งข้าวสาลี ข้าว และข้าวโพด[499]