คณะกรรมาธิการแม่น้ำโขง (อังกฤษ: Mekong River Commission : MRC) เป็นองค์การร่วมมือระหว่างรัฐบาล เพื่อส่งเสริมและประสานงาน จัดการและพัฒนาแหล่งน้ำและทรัพยากรอื่น ที่เกี่ยวข้องอย่างยั่งยืน เพื่อผลประโยชน์ร่วมกันระหว่างประเทศสมาชิก และประชาชนให้มีความเป็นอยู่ที่ดี ด้วยแผนยุทธศาสตร์และกิจกรรมต่าง ๆ และให้ข้อมูลทางวิทยาศาสตร์และให้คำแนะนำด้านนโยบาย