คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยสยาม ได้รับการอนุมัติจากทบวงมหาวิทยาลัยเปิดหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาเทคโนโลยีการอาหาร และสาขาวิทยาการคอมพิวเตอร์ เป็นลำดับคณะที่ 7 ของมหาวิทยาลัยสยามคณะวิทยาศาสตร์ได้เริ่มจัดการเรียนการสอนหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิตสาขาเทคโนโลยีการอาหาร ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2534 และผ่านการประเมินคุณภาพการจัดการศึกษาจากทบวงมหาวิทยาลัย ในปี พ.ศ. 2539 จากนั้นได้ดำเนินการปรับปรุงหลักสูตรในปี พ.ศ. 2545 ซึ่งผ่านการรับรองจากทบวงมหาวิทยาลัย และได้ปรับปรุงหลักสูตรต่อในปี พ.ศ. 2550 โดยทำการปรับปรุงหลักสูตรให้เป็นไปตามเกณฑ์มาตรฐานหลักสูตรระดับอุดมศึกษา พ.ศ. 2548หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิตสาขาวิทยาการคอมพิวเตอร์ เริ่มจัดการเรียนการสอนในปี พ.ศ. 2536 และผ่านการประเมินคุณภาพการจัดการศึกษาจากทบวงมหาวิทยาลัย ในปี พ.ศ. 2539 จากนั้นได้ดำเนินการปรับปรุงหลักสูตรในปี พ.ศ. 2545 ซึ่งผ่านการรับรองจากทบวงมหาวิทยาลัย และได้ปรับปรุงหลักสูตรต่อในปี พ.ศ. 2551 โดยทำการปรับปรุงหลักสูตรให้เป็นไปตามเกณฑ์มาตรฐานหลักสูตรระดับอุดมศึกษา พ.ศ. 2548ปัจจุบันคณะวิทยาศาสตร์ ประกอบด้วย 5 ภาควิชา คือ โดยให้บริการแก่นักศึกษาภายในคณะวิชา และให้บริการแก่คณะอื่นๆ ในรายวิชาศึกษาทั่วไป และวิชาพื้นฐาน ซึ่งเป็นองค์ประกอบที่สำคัญของหลักสูตรคณะต่างๆ ในมหาวิทยาลัย