คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี เป็นหน่วยงานระดับคณะ ในสังกัด มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี เริ่มเปิดทำการเรียนการสอนเมื่อปี พ.ศ. 2519 ในชื่อ คณะครุศาสตร์อุตสาหกรรมและวิทยาศาสตร์ซึ่งเป็นช่วงที่ประเทศกำลังรีบเร่งพัฒนาด้านธุรกิจอุตสาหกรรม และมีความจำเป็นต้องใช้นักวิทยาศาสตร์ที่มีความรู้ ความสามารถ มีทักษะในทางปฏิบัติ รวมทั้งมีความรอบรู้ทางด้านวิชาพื้นฐานวิศวกรรมศาสตร์ พร้อมที่จะทำงานควบคู่กับวิศวกรอย่างมีประสิทธิภาพ