คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยสยาม เป็นคณะเภสัชศาสตร์คณะที่ 15ของประเทศไทย เป็นคณะเภสัชศาสตร์แห่งที่ 3 ของมหาวิทยาลัยเอกชน แต่เป็นคณะเภสัชศาสตร์แห่งแรกของมหาวิทยาลัยเอกชนที่เป็นหลักสูตร 6 ปี จัดตั้งขึ้นเพื่อสร้างเภสัชกร ที่มีทักษะการปฏิบัติงานด้านบริบาลทางเภสัชกรรม ได้รับการรับรองหลักสูตรจากสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา (สกอ.) เมื่อวันที่ 30 พฤษภาคม พ.ศ. 2549 เปิดดำเนินการรับนักศึกษาเภสัชศาสตร์ครั้งแรกในภาคการศึกษา พ.ศ. 2549 และได้รับการรับรองจากสภาเภสัชกรรมเมื่อวันที่ 20 พฤศจิกายน พ.ศ. 2552