คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยอีสเทิร์นเอเชีย เป็นคณะเภสัชศาสตร์แห่งที่ 5 ของมหาวิทยาลัยเอกชน เปิดดำเนินการรับนักศึกษาเภสัชศาสตร์ครั้งแรกในภาคการศึกษา 2551 ซึ่ง ในปี พ.ศ. 2551 สภาเภสัชกรรม ได้ประกาศข้อบังคับสภาเภสัชกรรมว่าด้วยการรับรองปริญญา ประกาศนียบัตรในวิชาเภสัชศาสตร์หรือวุฒิบัตรในวิชาชีพเภสัชกรรมของสถาบันต่างๆ เพื่อประโยชน์ในการสมัครเป็นสมาชิก พ.ศ. 2551 ซึ่งได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษาเล่มที่ 125 ตอนพิเศษ 67ง หน้า 53-59 ลงวันที่ 3 เมษายน 2551 (ภาคผนวก) ซึ่งมีสาระสำคัญที่เกี่ยวข้องกับหลักสูตร การขอความเห็นชอบหลักสูตร การรับรองปริญญา การรับรองสถาบัน โดยมีรายละเอียดตามประกาศสภาเภสัชกรรม พ.ศ. 2551 เรื่องหลักเกณฑ์ว่าด้วยการขอเปิดดำเนินการหลักสูตรปริญญาทางเภสัชศาสตร์ ซึ่งกำหนดให้มหาวิทยาลัย/สถาบันการศึกษาที่จะดำเนินการผลิตบัณฑิตทางเภสัชศาสตร์ซึ่งสภาเภสัชกรรมให้การรับรองหลักสูตรต้องมีคุณสมบัติ มีความพร้อมในการจัดการศึกษา และมีทรัพยากรต่างๆครบถ้วนตามประกาศดังกล่าวและจะรับรองปริญญาเพื่อประโยชน์ในการสมัครเป็นสมาชิกสภาเภสัชกรรม ซึ่งจะมีผลกระทบต่อสิทธิการสอบใบประกอบวิชาชีพเภสัชกรรมของบัณฑิต ทำให้บัณฑิตที่จบจากหลักสูตรที่มีการเรียนการสอน 6 ปี และมีการฝึกปฏิบัติงานวิชาชีพเภสัชกรรม ไม่น้อยกว่า 2,000 ชั่วโมงเท่านั้น ที่มีสิทธิ์สมัครสอบใบประกอบวิชาชีพเภสัชกรรมได้