ในวันที่ 4 มกราคม พ.ศ. 2491 พม่าได้รับเอกราชจากอังกฤษ แต่โครงสร้างของรัฐยังคงอ่อนแอ ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2491 ชาวกะเหรี่ยง 400,000 คน ได้ประท้วงโดยสงบเพื่อแสดงความสามัคคีในการจัดตั้งรัฐกะเหรี่ยง[33] สามเดือนหลังจากได้รับเอกราช พรรคคอมมิวนิสต์พม่าเริ่มก่อการกบฏด้วยอาวุธ และกลุ่มกะเหรี่ยงที่ต้องการแบ่งแยกดินแดนได้เริ่มการต่อสู้เพื่อเรียกร้องเอกราช สมาชิกขององค์กรป้องกันแห่งชาติกะเหรี่ยงเคยเป็นทหารในกองทัพต่อต้านญี่ปุ่นและพม่ามาก่อน การเกิดขึ้นขององค์กรป้องกันแห่งชาติกะเหรี่ยงและรัฐบาลของสันนิบาตเสรีภาพประชาชนฯ ทำให้ความร่วมมือของชาวกะเหรี่ยงลดลงและความตึงเครียดเก่าๆระหว่างชาวกะเหรี่ยงและพม่าเกิดขึ้นอีก

การสู้รบระหว่างทหารกะเหรี่ยงและพม่าเกิดขึ้นในต้นปี พ.ศ. 2491 ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2491 รัฐบาลสันนิบาตเสรีภาพฯพยายามเจรจากับกลุ่มกบฏคอมมิวนิสต์ และเปิดทางให้กลุ่มคอมมิวนิสต์เข้าร่วมในการเมืองระดับชาติ ในขณะที่กองทัพกะเหรี่ยงประกาศว่าเป็นไปไม่ได้ที่จะร่วมมือกับรัฐบาลนี้ เดือนมิถุนายน พ.ศ. 2491 ได้มีการประชุมเพื่อหาทางแก้ไขปัญหาที่กองทัพกะเหรี่ยงเติบโตขึ้นและหยุดการก่อกบฏของฝ่ายคอมมิวนิสต์ ในช่วงเดือนพฤษภาคม – สิงหาคม มีเหตุรุนแรงเกิดขึ้นน้อยระหว่างกะเหรี่ยงและพม่าเพราะทั้งสองฝ่ายต่างต่อสู้กับคอมมิวนิสต์ ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2491 เกิดความขัดแย้งระหว่างทหารพม่าและทหารกะเหรี่ยงอย่างรุนแรง ซึ่งในเวลานั้นองค์กรป้องกันแห่งชาติกะเหรี่ยงควบคุมพื้นที่ในเขตชนบทไว้ได้มาก ในวันที่ 14 สิงหาคม พ.ศ. 2491 กองทัพกะเหรี่ยงบุกเข้าทวันเตใกล้ย่างกุ้ง และยึดท่าตอน และไจคะมีในอีกสัปดาห์ต่อมา ในวันที่ 30 สิงหาคม องค์กรป้องกันแห่งชาติกะเหรี่ยงเข้ายึดมะละแหม่ง[34]

พ.ศ. 2491 เป็นปีที่มีความรุนแรงเกิดขึ้นมากในพม่า แต่ละกลุ่มต่างมีกำลังทหารเป็นของตนเอง และพยายามเพิ่มพื้นที่ปกครองโดยใช้ความรุนแรง แบ่งเป็นกลุ่มใหญ่ได้ 2 กลุ่ม คือกลุ่มฝ่ายขวาและนิยมตะวันตกได้แก่กองทัพกะเหรี่ยง องค์กรป้องกันแห่งชาติกะเหรี่ยง กองโจรสันติภาพกะเหรี่ยง ตำรวจและกองกำลังสหภาพส่วนใหญ่ อีกกลุ่มหนึ่งเป็นฝ่ายซ้ายและต่อต้านอังกฤษ ได้แก่รัฐบาลสันนิบาตเสรีภาพฯ ทหารพม่าบางส่วนในกองทัพพม่า ชิตวุนดันซึ่งเป็นตำรวจที่ตั้งขึ้นโดยอูนุเพื่อต่อต้านกองทัพกะเหรี่ยงและตำรวจที่นิยมฝ่ายขวา กองกำลังท้องถิ่นระดับหมู่บ้านปฏิเสธคอมมิวนิสต์และฝ่ายขวา ในช่วงสี่เดือนสุดท้ายของ พ.ศ. 2491 เกิดความรุนแรงขึ้นทั่วพม่า เจ้าหน้าที่ชาวอังกฤษบางส่วนที่อยู่ในพม่าตะวันออก สนับสนุนการต่อสู้เพื่อเอกราชของพม่า และมีคนหนึ่งถูกจับกุมในย่างกุ้งเมื่อ 18 กันยายน ในวันที่ 19 กันยายน ติน ตุต ผู้นำฝ่ายขวาถูกลอบสังหารในย่างกุ้ง นายพล สมิท ดุนได้พยายามเข้ามาเป็นตัวกลางระหว่างองค์กรป้องกันแห่งชาติกะเหรี่ยงกับรัฐบาลสันนิบาตเสรีภาพฯ ในเดือนพฤศจิกายน แต่สื่อในพม่าเห็นว่าเป็นการต่อต้านสหภาพ ความตึงเครียดนี้ทำให้เกิดเหตุรุนแรงในเดือนธันวาคม กลุ่มชิตวุนดันได้ขว้างระเบิดใส่โบสถ์คริสต์ในปะลอว์ สังหารชาวกะเหรี่ยงคริสต์ 80 คน ในสัปดาห์ต่อมากลุ่มชิตวุนดันได้สังหารชาวกะเหรี่ยงไป 100 คน

การปะทุของความขัดแย้ง พ.ศ. 2492

รัฐบาลของสันนิบาตเสรีภาพฯได้อาศัยกองกำลังชาวกะเหรี่ยง กะชีน และชีนในการควบคุมการก่อความไม่สงบในพม่าหลังสงครามโลกครั้งที่ 2 กองทหารกะเหรี่ยงยังคงต่อสู้กับรัฐบาลพม่าจนถึงเดือนธันวาคม พ.ศ. 2491 ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2491 อูนุและผู้นำกะเหรี่ยง ซอว์ บา อู จี ได้สำรวจบริเวณที่ราบลุ่มแม่น้ำอิรวดี เพื่อหาทางป้องกันความรุนแรงจากกองกำลังคอมมิวนิสต์ แต่หลังจากนั้นได้เกิดความตึงเครียดระหว่างชาวกะเหรี่ยงและพม่าขึ้น

องค์กรป้องกันแห่งชาติกะเหรี่ยงได้บุกยึดเมืองอินเส่งและปืดล้อมเมือง ทำให้ชาวพม่าในเมืองนั้นต้องตั้งกองกำลังติดอาวุธของตนเอง การเผชิญหน้าระหว่างชาวพม่าและชาวกะเหรี่ยงที่อยู่ใกล้กันได้แพร่กระจายออกไปทั้งเขตที่ราบลุ่มแม่น้ำอิรวดี ในช่วงกลางเดือกมกราคม ชาวกะเหรี่ยง 150 คนถูกฆ่าในไตก์กจี กองทัพองค์กรป้องกันแห่งชาติกะเหรี่ยงที่ไม่ได้ถูกควบคุมจากส่วนกลางเข้าโจมตีชาวพม่า

นายพลมิน หม่องซึ่งเป็นชาวกะเหรี่ยงถูกร้องขอให้ทำลายหน่วยที่นำโดยซอว์ บา อูจี ผู้นำสหภาพกะเหรี่ยง ในวันที่ 27 มกราคม พ.ศ. 2492 นายพลมิน หม่อง เข้ายึดเมืองตองอู และกลุ่มทหารกะเหรี่ยงอื่นๆเข้ายึดเมืองปยู ในวันที่ 30 มกราคม รัฐบาลพม่าประกาศให้องค์กรป้องกันแห่งชาติกะเหรี่ยงเป็นองค์กรนอกกฎหมาย อูนุประกาศปลดทหารในกองทัพที่เป็นชาวกะเหรี่ยงออกทั้งหมด นายพลสมิท ดุนถูกปลดและตั้งเนวินขึ้นมาแทน ทหารที่เป็นชาวกะเหรี่ยงนั้นถ้าเข้าร่วมกับกลุ่มกบฏจะถูกส่งตัวเข้าค่าย และสั่งทหารเข้ายึดเมืองอินเส่งคืนเมื่อ 31 มกราคม พ.ศ. 2492 ส่วนตองอูยึดคืนมาได้ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2492 และยึดเมืองอินเส่งคืนได้สำเร็จในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2492 หลังจากที่สูญเสียอย่างหนักทั้งสองฝ่าย ในวันที่ 14 มิถุนายน พ.ศ. 2492 สหภาพแห่งชาติกะเหรี่ยงประกาศจัดตั้งรัฐกะเหรี่ยงอิสระหรือกอทูเลย์[35]