ปฏิบัติการปราบปรามการก่อการกำเริบของทางการมีระบบราชการที่ล่าช้าและการขาดความเป็นมืออาชีพเป็นอุปสรรค รวมทั้งมีการละเมิดสิทธิมนุษยชนและความไม่ไว้วางใจรัฐบาล[20] นโยบายการตอบสนองต่อความไม่สงบของนายกรัฐมนตรีทักษิณ ชินวัตรทำให้เหตุการณ์บานปลายยิ่งขึ้น[22] รัฐบาลวางกำลังตำรวจและทหารรวม 24,000 นายในภาคใต้[38]:17 ในปี 2547 กองทัพภาคที่ 4 ตั้งกองบัญชาการส่วนหน้าเพื่อประสานงานปฏิบัติการทางทหารในภาคใต้ ปีเดียวกันมีการประกาศกฎอัยการศึกทั่วจังหวัดปัตตานี ยะลาและนราธิวาส ทำให้เจ้าหน้าที่มีอำนาจจับกุมบุคคลโดยไม่มีหมายศาล และสามารถค้นและกักขังโดยไม่ต้องแจ้งข้อหาได้[38]:18 มีการเปลี่ยนตัวผู้บัญชาการถึง 3 ครั้งระหว่างปี 2547–49 นอกจากนี้ยังมีการขัดขากันเองของหน่วยงานในกองทัพภาคที่ 4 และการวางกำลังแบบอยู่กับที่ จึงมีผลทำให้ยกชนบทให้แก่ผู้ก่อการกำเริบ[54] ในปี 2548 รัฐบาลตั้งคณะกรรมการอิสระเพื่อความสมานฉันท์แห่งชาติ เพื่อส่งเสริมสันติภาพและความปรองดองโดยเฉพาะอย่างยิ่งในสามจังหวัดชายแดนภาคใต้ และมีการเสนอแนะนโยบายและวิธีดำเนินงานหลายอย่าง แต่รัฐบาลไม่รับทำ[55]

หลังรัฐประหารในประเทศไทย พ.ศ. 2549 รัฐบาลสุรยุทธ์ จุลานนท์ กล่าวขอโทษต่อประชาชนภาคใต้ ปรับปรุงความสัมพันธ์กับประเทศมาเลเซีย และเสนอการปฏิรูปหลายอย่าง แต่มีการปฏิบัติจริงเพียงเล็กน้อย[56] รัฐบาลให้ตั้งศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ใหม่ แต่กว่าหน่วยงานดังกล่าวจะเข้ามามีบทบาทเข้มแข็งในการประสานงานปฏิบัติการข่าวกรองและยุทธวิธีก็ปลายปี 2552–ต้นปี 2553[57] หลายรัฐบาลตั้งแต่รัฐบาลทักษิณมาจนถึงรัฐบาลอภิสิทธิ์ให้ความสำคัญกับการแก้ปัญหาความไม่สงบต่ำ[58]

มีการจัดอาสาสมัครป้องกันหมู่บ้านเพื่ออารักขาครูในพื้นที่ แต่อาสาสมัครดังกล่าวติดอาวุธเบา และไม่มีเครื่องป้องกัน[59] นอกจากนี้ ทหารพรานซึ่งมาจากภาคตะวันออกเฉียงเหนือเสียมาก มีการชั่งใจในการเลือกเป้าหมายต่ำและมักก่อวิสามัญฆาตกรรมและการละเมิดสิทธิมนุษยชนอย่างอื่น อาวุธปืนมักเป็นอาวุธที่ปลดประจำการแล้ว[60]

พลเอก อนุพงษ์ เผ่าจินดา ผู้บัญชาการทหารบก สั่งเพิ่มทหารและการลาดตระเวน ทำให้การก่อเหตุที่สูงสุดในปี 2550 ค่อย ๆ ลดลง[56] ในปี 2554 ทางการมีกำลังความมั่นคงในพื้นที่ 60,000 นาย โดยรวมทหารพราน 10,000 นาย จนถึงปีนั้น รัฐบาลใช้งบประมาณเพื่อพยายามแก้ปัญหาในพื้นที่ 145,000 ล้านบาท[61] ในปี 2550 กองทัพใช้วิธีกักขังหมู่ผู้ต้องสงสัยกว่า 2,000 คน ในคดีความมั่นคงกว่า 7,400 คดีนั้น ปิดคดีไม่ได้กว่า 77% และชาวบ้านที่ถูกตำรวจจับจนถึงปี 2554 นั้นมีเพียง 19% ที่ถูกตั้งข้อหา ศาลสั่งปล่อยตัวผู้ต้องขังกว่า 90% ด้านกองทัพใช้วิธีกักขังซึ่งอาจนานถึง 12 ถึง 18 เดือน แล้วหลังปล่อยตัวไม่ได้รับให้กลับภูมิลำเนาเดิม[62]

รัฐบาลอภิสิทธิ์อัดฉีดงบประมาณพัฒนาห้าจังหวัดชายแดนภาคใต้ปี 2552–2555 เป็นจำนวน 63,000 ล้านบาท[45] อย่างไรก็ตาม รัฐบาลมีนโยบายลงโทษ "พื้นที่สีแดง" คือ จะให้งบประมาณแก่พื้นที่ที่มีอัตราความไม่สงบต่ำ นอกจากนี้ยังมีองค์การนอกภาครัฐระบุว่างบพัฒนาหายไป 20% และหลายคนเสนอว่างบประมาณอาจไปสนับสนุนฐานเสียงพรรคประชาธิปัตย์[63]

งบประมาณแผ่นดินเพื่อการแก้ปัญหาและการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ (หน่วย: ล้านบาท)[27]

การเจรจา

รัฐบาลไทยเจรจาโดยอ้อมกับผู้ก่อความไม่สงบตั้งแต่สมัยนายกรัฐมนตรีทักษิณ ชินวัตร แต่ไม่ใช่ทุกกลุ่มที่เห็นชอบกับการเจรจา[64] ผู้นำองค์การปัตตานีมีการประชุมกันทุก 2 เดือนในประเทศมาเลเซีย โดยองค์การข่าวกรองภายนอกและกระทรวงกลาโหมมาเลเซียเป็นผู้ผลักดัน แต่การเจรจาไม่มีความคืบหน้าตั้งแต่ปี 2550 ผู้นำกลุ่ม BRN-C ที่ก่อเหตุมากที่สุด ไม่เห็นประโยชน์ของการเจรจา รวมทั้งสมาชิกเข้าร่วมการประชุมในมาเลเซียแต่ไม่ยอมเจรจากับรัฐบาลไทย[64]

ในเดือนกุมภาพันธ์ 2556 ผู้แทนรัฐบาลยิ่งลักษณ์และกลุ่ม BRN ลงนาม "ฉันทามติทั่วไปว่าด้วยกระบวนการเจรจาสันติภาพ" ที่แสดงเจตนาของรัฐบาลที่จะเจรจากับผู้ก่อความไม่สงบ ในกรุงกัวลาลัมเปอร์ นับเป็นครั้งแรกที่รัฐบาลไทยรับรองกลุ่มก่อความไม่สงบอย่างเปิดเผย[65]:3 อย่างไรก็ดี นักวิจารณ์มองว่าทักษิณ ชินวัตรเป็นผู้ริเริ่มนโยบายดังกล่าว และมองว่าเขาต้องการแก้ไขภาพลักษณ์ของตนที่ดำเนินนโยบายผิดพลาดในสมัยรัฐบาลเขา และสภาผู้นำ BRN ไม่รับรองการเจรจาดังกล่าว ต่อมา BRN มอบหมายให้ผู้นำสายแข็งสองคนก่อนการประชุมรอบแรกในเดือนมีนาคม 2556[65]:3–4 BRN ออกข้อเรียกร้องห้าข้อในรูปวิดีทัศน์ทางยูทูบก่อนการประชุมรอบแรก ซึ่งในการประชุมรอบสองในเดือนเมษายน 2556 รัฐบาลแถลงว่ากำลังพิจารณาเพิกถอนหมายจับผู้ต้องสงสัยก่อความไม่สงบซึ่งเป็นข้อเรียกร้องหนึ่ง ในการประชุมรอบสามในเดือนมิถุนายน ผู้แทน BRN ตกลงว่าจะพยายามลดความรุนแรง[65]:4–5 การเจรจาดังกล่าวทำให้เกิดข้อริเริ่มสันติภาพเราะมะฎอนซึ่งมุ่งลดความรุนแรงในช่วงถือศีลอด[65]:5 วันที่ 12 กรกฎาคม ประเทศมาเลเซียประกาศว่าทั้งสองฝ่ายพยายามลดความรุนแรงตั้งแต่วันที่ 10 กรกฎาคมถึง 18 สิงหาคม[65]:5 อย่างไรก็ดี เหตุการณ์ระเบิดแสวงเครื่องและการตอบโต้ของทางการทำให้การลดความรุนแรงล้มเหลว วันที่ 6 สิงหาคม มีวิดีทัศน์จากกลุ่ม BRN ว่ากลุ่มระงับการเจรจากับรัฐบาลไทย[65]:6

ในเดือนเมษายน 2560 กลุ่มบีอาร์เอ็นออกแถลงการณ์เรียกร้องเจรจาสันติภาพกับรัฐบาลไทย โดยให้มีตัวกลางไกล่เกลี่ยที่เป็นกลางจริง ๆ มีอำนวยการ[66] แต่บีอาร์เอ็นจะรอจนฝ่ายการเมืองของกลุ่มมีความพร้อมเสียก่อน และจะไม่เจรจาหากถูกกดดัน[67]

ต่อมาได้มีการแต่งตั้งหัวหน้าคณะพูดคุยเพื่อสันติสุขจังหวัดชายแดนภาคใต้ จาก พล.อ.อักษรา เกิดผล เป็น พล.อ.อุดมชัย ธรรมสาโรรัชต์[68] และมี พล.ต.อ.ตัน สรี อับดุล ราฮิม บินโมฮัมหมัด นูร์ เป็นหัวหน้าคณะผู้อำนวยความสะดวกในการพูดคุยสันติสุขจังหวัดชายแดนภาคใต้ ประเทศมาเลเซีย