ระหว่างปี 2547–2554 มีผู้เสียชีวิตกว่า 4,500 คน และได้รับบาดเจ็บกว่า 9,000 คนจากความไม่สงบ นับเป็นความขัดแย้งที่มียอดผู้เสียชีวิตสูงสุดในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้[20] ในปี 2554 สถานการณ์กลายเป็นการคุมเชิงระดับต่ำ ส่วนใหญ่ลักษณะการก่อเหตุเป็นการประกบยิง แต่มีเหตุระเบิดแสวงเครื่องบ้างเฉลี่ย 12 ครั้งต่อเดือน[20] มีเหตุการณ์ความรุนแรงกว่า 11,000 ครั้งและการวางระเบิดกว่า 2,000 ครั้ง[22]

ข้างฝ่ายผู้ก่อความไม่สงบไม่มีข้อเรียกร้องทางการเมืองออกมาชัดเจนจึงบอกไม่ได้ว่าเหตุใดความไม่สงบจึงปะทุกลับมาอีกครั้ง[23] อย่างไรก็ตาม ผู้สังเกตการณ์เสนอว่ามีการเปลี่ยนจากเป้าหมายด้านเชื้อชาติและชาติพันธุ์และแบ่งแยกดินแดนมาเป็นอิสลามิสต์หัวรุนแรง[23] สถานที่ก่อเหตุย้ายจากป่าเข้ามาในหมู่บ้าน เมืองและนคร สภาพดังกล่าวทำให้มีการใช้กลุ่มนักรบขนาดเล็ก 5–10 คน[24] กลางปี 2549 ตำรวจประเมินว่ามีนักรบ 3,000 คนปฏิบัติการใน 500 เซลล์ ทางการเชื่อว่าผู้ก่อความไม่สงบในเซลล์ในหมู่บ้านสองในสามจากทั้งหมด 1,574 แห่งในจังหวัดชายแดนภาคใต้[25] โครงสร้างแบบเซลล์นี้ทำให้ไม่ต้องใช้เงินทุนสนับสนุนมากนัก ผู้ก่อความไม่สงบบางส่วนใช้เงินทุนสนับสนุนจากการจ้างงานของตนเอง รายงานของกลุ่มวิกฤตระหว่างประเทศปี 2548 ระบุว่า ผู้ก่อเหตุเป็นเยาวชน เคร่งศาสนา ติดอาวุธไม่ดีและพร้อมสละชีพเพื่ออุดมการณ์[25] กลางปี 2548 ยอดผู้เสียชีวิตมุสลิมสูงกว่ายอดผู้เสียชีวิตพุทธ ซึ่งเชื่อว่ามุสลิมที่ตกเป็นเป้านั้นใกล้ชิดกับทางการไทยหรือค้านความคิดอิสลามิสต์[26]

จากข้อมูลของศูนย์เฝ้าระวังสถานการณ์ภาคใต้ พบว่า ความถี่ของการก่อเหตุขึ้น ๆ ลง ๆ แต่สูงสุดในปี 2550 (2,409 เหตุการณ์) และ 2555 (1,851 เหตุการณ์) ซึ่งศูนย์ฯ ตั้งข้อสังเกตว่าความถี่ของเหตุการณ์อาจเพิ่มขึ้นและลดลงเป็นวัฏจักรโดยจะมีความถี่สูงสุดทุก 5 ปี ยอดผู้เสียชีวิตรายปีลดลงทุกปีนับแต่ปี 2556[27]

ศูนย์เฝ้าระวังสถานการณ์ภาคใต้ตั้งข้อสังเกตว่าพื้นที่ที่มีการก่อเหตุสูงสุดเป็น 7 หัวเมืองประวัติศาสตร์เดิม อันประกอบด้วย เมืองปัตตานี ยะหริ่ง หนองจิก ยะลา รามัน สายบุรี และระแงะ[27]

การก่อเหตุ

ส่วนใหญ่ผู้ก่อเหตุมุ่งเป้าไปยังกำลังความมั่นคงและสัญลักษณ์อำนาจของรัฐไทยอย่างข้าราชการ โรงเรียนและวัด แต่ผู้เสียชีวิตกว่า 90% เป็นพลเรือน[28] มีการตัดศีรษะ แขวนคอและทุบตี มีการฆ่าผู้หญิง เด็ก ครูและพระสงฆ์ และมีการหายตัวอยู่เป็นนิจ[29]

การโจมตีระยะแรก ๆ เป็นการประกบยิงใส่นายตำรวจที่ลาดตระเวนจากมือปืนหรือจักรยานยนต์ หลังปี 2544 ลักษณะการก่อเหตุบานปลายเป็นการโจมตีที่มีการประสานงานกันอย่างดีใส่สถานที่ตั้งของตำรวจ เช่น สถานีตำรวจและด่านตรวจ แล้วหลบหนีไปพร้อมกับขโมยอาวุธและเครื่องกระสุน ยุทธวิธีอื่นที่ใช้เพื่อเรียกชื่อเสียงจากความตื่นตระหนกและหวาดกลัว ได้แก่ การฆ่าพระสงฆ์ การวางระเบิดวัด การตัดศีรษะ การข่มขู่พ่อค้าหมูและลูกค้า ตลอดจนการวางเพลิงโรงเรียน ฆ่าครูและอำพรางศพ[30]

จุดมุ่งหมายของการก่อเหตุมีลักษณะโจมตีไม่เลือกลดลง และเป็นการโจมตีแก้แค้นมากขึ้น โดยมีกำลังความมั่นคง ข้าราชการและมุสลิมสายกลางเป็นเป้าหมาย[20] มีการใช้ระเบิดแสวงเครื่องขนาดใหญ่ ซึ่งส่วนใหญ่อยู่ในช่วง 5–10 กิโลกรัม สร้างขึ้นจากถึงแก๊สหุงต้ม หรือถังดับเพลิงบรรจุแอมโมเนียมไนเตรดซึ่งมีราคาถูก ระเบิดในภายหลังมีแนวโน้มใช้อุปกรณ์วิทยุจุดแทนโทรศัพท์เคลื่อนที่[31] และมีการใช้ระเบิดแสวงเครื่องแบบหน่วงเวลา (time-delayed) มากขึ้นเพื่อมุ่งเป้าไปยังผู้รับแจ้งเหตุ[32] การลอบยิง ซึ่งอาจเป็นการซุ่มโจมตีหรือการยิงประกบจากมอเตอร์ไซค์ เป็นวิธีการฆ่าหลัก และเปลี่ยนมามีรูปแบบการแก้แค้นมากขึ้น[32] ความรุนแรงระหว่างมุสลิมด้วยกันเป็นเรื่องการแก่งแย่งอำนาจมาโดยตลอด[32] กลุ่มผู้ก่อความไม่สงบต้องการไล่พุทธออกจากพื้นที่ ส่วนพุทธที่เหลืออยู่อยู่ในพื้นที่ที่มีอาวุธแน่นหนา[32] การก่อเหตุลอบวางเพลิงลดลง ส่วนหนึ่งเพราะมีทหารคุ้มครอง และบางส่วนเพราะมุสลิมไม่พอใจที่โรงเรียนถูกเผา[33] ผู้ก่อความไม่สงบไม่เต็มใจยิงปะทะและมักเป็นไปเพื่อป้องกันตัว แต่มีแหล่งข่าวระบุว่ามีการยิงปะทะยืดเยื้อเฉลี่ยเดือนละ 4 ครั้ง[34]

ในปี 2561 การโจมตีกำลังความมั่นคงลดลงเหลือ 1–2 ครั้งต่อเดือน ยุทธวิธีที่นิยมใช้ยังเป็นการวางระเบิดริมถนนและการยิง มีการใช้ระเบิดท่อเหล็ก เครื่องยิงลูกระเบิดเอ็ม79 และปืนเล็กยาวเอ็ม16 ในการก่อเหตุ[35]