ภาคอัปไรซิงยังมีโหมดที่เรียกว่าคอมแมนเดอส์ชาลเลนจ์ซึ่งผู้เล่นสามารถเล่นปะทะกับผู้บังคับบัญชาปัญญาประดิษฐ์ที่มีระดับทักษะต่าง ๆ โหมดนี้ยังได้รับการเปิดตัวในฐานะเกมที่ดาวน์โหลดได้แบบสแตนด์อโลนสำหรับเพลย์สเตชัน 3 และเอกซ์บอกซ์ 360

คอมแมนเดอส์ชาลเลนจ์มี 50 สถานการณ์ที่แตกต่างกันและยากขึ้นตามลำดับ โดยอิงอย่างหย่อนจากคอมแมนเดอส์ชาลเลนจ์จากคอมมานด์ & คองเคอร์: เจเนอรัลส์ – ซีโรเอาเออร์[3] ซึ่งมีผู้บังคับบัญชาที่กลับมาจากเรดอเลิร์ต 3 รวมถึงผู้บังคับบัญชาใหม่บางนาย[4] โดยมีหน่วยเฉพาะของการทัพบางหน่วยที่ปรากฏในเรดอเลิร์ต 3 ดั้งเดิม เช่น เทสลาแทงก์ และโชกุนเอกซิคิวชันเนอร์[5] ตลอดจนแผนที่บางแผนที่ในคอมแมนเดอส์ชาลเลนจ์ยังมีเอฟเฟกต์พิเศษ เช่น ขยะที่ตกลงมาจากท้องฟ้า หรือหน่วยที่สร้างบนแผนที่จะหดตัวลง[6][7] ก่อนทำภารกิจใด ๆ ให้สำเร็จ ผู้เล่นจะเข้าถึงได้เฉพาะหน่วยพื้นฐานของแต่ละฝ่าย แต่เมื่อทำภารกิจสำเร็จแต่ละภารกิจ จะปลดล็อกยูนิตเพิ่มเติมจากแผนผังเทคโนโลยีของคู่ต่อสู้ที่ท้าทายนั้น

บางภารกิจมีมาตรฐานอื่น เช่น บลัดฟิวด์ ซึ่งผู้บังคับบัญชาอย่างชินโซ และเค็นจิ จะต่อสู้กันเองจนกว่าผู้เล่นจะโจมตีฝ่ายใดฝ่ายหนึ่ง นอกจากนี้ ในคอมแมนเดอส์ชาลเลนจ์ ผู้เล่นสามารถเลือกฝ่ายที่จะเล่นต่อภารกิจ แทนที่จะเล่นทั้งเกมเป็นฝ่ายเดียว เกมนี้มีความท้าทายหลัก 13 รายการ และความท้าทายด้านอื่นอีก 37 รายการซึ่งจะปลดล็อกเมื่อกระทำผ่านเกม