จักรพรรดิโก-ซันโจ (ญี่ปุ่น: 後三条天皇 โรมาจิ: Go-Sanjō-tennō 3 กันยายน ค.ศ. 1034 - 15 มิถุนา-ยน ค.ศ. 1073) จักรพรรดิองค์ที่ 71 แห่ง ราชวงศ์ญี่ปุ่น ตามที่ได้บันทึกไว้ใน รายพระนามจักรพรรดิญี่ปุ่นจักรพรรดิโก-ซันโจครอง ราชบัลลังก์ดอกเบญจมาศ ระหว่างปี ค.ศ. 1068-1073 โดยพระนามของพระองค์นำมาจากพระนามของ จักรพรรดิซันโจ จักรพรรดิในช่วง คริสต์ศตวรรษที่ 11 ผู้เป็นพระอัยกา (ตา) ของพระองค์เองโดยเมื่อใส่คำว่า โก (後) เข้าไปพระนามของพระองค์จึงมีความหมายว่า จักรพรรดิซันโจยุคหลัง หรือ จักรพรรดิซันโจที่ 2