จักรพรรดิโกะ-นิโจ (ญี่ปุ่น: 後二条天皇 โรมาจิ: Go-Nijō tennō, 9 มีนาคม 1285 — 10 กันยายน 1308) จักรพรรดิองค์ที่ 94 แห่ง ราชวงศ์ญี่ปุ่น ตามที่ได้บันทึกไว้ใน รายพระนามจักรพรรดิญี่ปุ่นจักรพรรดิโกะ-นิโจครองราชย์ระหว่าง ค.ศ. 1301–1308 โดยพระนามของพระองค์นั้นนำมาจากพระนามของ จักรพรรดินิโจ ซึ่งครองราชย์ในช่วง ศตวรรษที่ 12 โดยได้ใส่คำว่า โกะ (後) ที่แปลว่า สอง หรือ ยุคหลัง เข้าไปในพระนามทำให้พระนามของพระองค์แปลได้ว่า จักรพรรดินิโจที่สอง หรือ จักรพรรดินิโจยุคหลัง