จันทบุรีเป็นเมืองที่มีประวัติความเป็นมาที่ยาวนาน ก่อตั้งโดยชนชาติชอง จังหวัดจันทบุรีเป็นเมืองที่มีความสำคัญต่อประวัติศาสตร์ไทยอยู่ 3 ครั้ง คือ ครั้งที่ 1 สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีใช้จังหวัดจันทบุรีในการรวบรวมไพร่พลและเสบียงอาหาร ครั้งที่ 2 เกิดสงครามอานัมสยามยุทธในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวและครั้งที่ 3 ฝรั่งเศสยึดเมืองจันทบุรีเป็นเมืองประกันหลังจากเกิดวิกฤตการณ์ปากน้ำในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ด้วยความที่จังหวัดจันทบุรีมีความสำคัญต่อเหตุการณ์ทางประวัติศาสตร์หลายเหตุการณ์และมีความหลากหลายทางภูมิประเทศ ส่งผลให้จังหวัดจันทบุรีเป็นจังหวัดที่มีแหล่งท่องเที่ยวทั้งทางธรรมชาติและทางวัฒนธรรมนคือ พระเจ้าพรหมทัต (พ.ศ. 1349-1399) ครั้นถึงปี พ.ศ. 1800 ได้มีการย้ายถิ่นฐานมาสร้างเมืองใหม่ที่บ้านหัววัง ตำบลพุงทลาย ซึ่งอยู่ใกล้กับแม่น้ำจันทบุรีในปัจจุบัน

ต่อมาปี พ.ศ. 2200 ได้ย้ายมาสร้างเมืองใหม่ที่บ้านลุ่ม อยู่ทางฝั่งตะวันตกของแม่น้ำจันทบุรี ในปี พ.ศ. 2310 หลังจากกรุงศรีอยุธยา สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชได้เข้ายึดเมืองจันทบุรีเพื่อใช้เป็นแหล่งสะสมเสบียงอาหารและรวบรวมกำลังพลในการกอบกู้กรุงศรีอยุธยาคืนจากพม่า ในคราวนั้นเจ้าเมืองจันทบุรีนามว่าเจ้าขรัวหลาน(ยศเจ้าเมืองจันทบุรีเดิม) ชึ่งราษฎรเลือกขึ้นเมื่อเสียกรุงศรีอยุธยา โดยหวังว่าพระยาจันทบูร จะช่วยปกป้องรักษาเมืองจันทบุรีให้อยู่รอดสืบต่อไป ได้ต่อต้านกองทัพของสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช โดยได้พยายามทำทุกวิถีทางเพื่อให้เมืองจันทบุรีอยู่รอดเป็นอิสระ รักษาแผ่นดินไว้ให้ชนชาติบูรพา แต่สุดท้ายก็ต้องปราชัยพ่ายแพ้แก่กองทัพของสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช โดยพระองค์ทรงใช้พญาช้างศึกบุกชนกำแพงเมืองจนสามารถเข้าตีเมืองเอาไว้ได้สำเร็จ เจ้าเมืองจันทบุรีได้หลบภัยไปอาณาจักรกัมพูชาจนถึงแก่อสัญกรรม เมืองจันทบุรีจึงตกเป็นของสยามนับแต่นั้นเป็นต้นมา

ต่อมาในปี พ.ศ. 2436 ฝรั่งเศสได้เข้ายึดเมืองจันทบุรีไว้นานถึง 11 ปี[6] เนื่องจากสยามมีข้อพิพาทเรื่องดินแดนฝั่งขวาของแม่น้ำโขง โดยฝรั่งเศสกล่าวหาว่าสยามล่วงล้ำดินแดนอาณานิคมของฝรั่งเศส ส่วนสยามได้อ้างว่าดินแดนดังกล่าวเป็นของสยาม ฝ่ายสยามเห็นว่าจะต่อสู้ทางทหารฝรั่งเศสไม่ได้จึงขอเปิดการเจรจา ทางฝรั่งเศสยื่นคำขาด โดยฝ่ายสยามต้องยอมยกดินแดนที่เป็นข้อพิพาทรวมทั้งเกาะทั้งหมดในลำน้ำโขง พร้อมเงินอีกหนึ่งล้านฟรังก์และสามล้านบาท โดยจนกว่าจะดำเนินการเสร็จฝรังเศสจะยึดเมืองจันทบุรีไว้ก่อน แต่เมื่อทางสยามดำเนินการเสร็จ ฝรั่งเศสไม่ได้ถอนกำลังออก ฝ่ายสยามจึงต้องยอมยกเมืองตราดและเมืองประจันตคีรีเขตร์ (เกาะกง) เพื่อแลกกับเมืองจันทบุรี และอีกหนึ่งปีต่อมาสยามยอมยกเมืองพระตะบอง เสียมราฐ และศรีโสภณ เพื่อแลกเมืองตราดคืนมา แต่ฝรั่งเศสไม่ได้คืนเมืองประจันตคีรีเขตร์แต่อย่างใด ปัจจุบันเมืองประจันตคีรีเขตร์จึงอยู่ในอาณาเขตประเทศกัมพูชา ต่อมามีการจัดระเบียบบริหารราชการส่วนภูมิภาคเป็นแบบมณฑลเทศาภิบาล จัดตั้งมณฑลจันทบุรี โดยมีเมืองจันทบุรี ระยอง และตราดอยู่ในเขตการปกครองจนถึงปี พ.ศ. 2476 ภายหลังการเปลี่ยนแปลงการปกครองเป็นระบอบประชาธิปไตย จึงยกเลิกมณฑลเทศาภิบาลและได้จัดระเบียบบริหารราชการแผ่นดินใหม่ โดยแบ่งออกเป็นจังหวัดและอำเภอ ดังนั้นเมืองจันทบุรีจึงมีฐานะเป็นจังหวัดจนถึงปัจจุบันนี้