ที่มาของคำว่า "ฉะเชิงเทรา" มีข้อสันนิษฐานที่แตกต่างกัน 2 ข้อ คือ[4]

• คำว่า ฉะเชิงเทรา มาจากคำภาษาเขมร 2 คำ คือ สทึง+เจรา ซึ่ง สทึง (ស្ទឹង) แปลว่า แม่น้ำสายย่อย และ เจรา (ជ្រៅ) แปลว่า ลึก เมื่อรวมความหมายก็ได้ว่า แม่น้ำลึก ซึ่งหมายถึงแม่น้ำบางปะกงนั่นเอง (มีผู้โต้แย้งข้อสันนิษฐานนี้ เนื่องจากว่าเมืองฉะเชิงเทรานั้นตั้งขึ้นมาในสมัยเดียวกับเมืองสาครบุรี เมืองนครไชยศรี และเมืองนนทบุรี ซึ่งไม่น่าจะมีคำเขมรมาปนอยู่ในชื่อเมืองแล้ว)
• คำว่า ฉะเชิงเทรา อาจเพี้ยนมาจากคำว่า แสงเชรา แสงเซา หรือ แซงเซา (ข้อสันนิษฐานนี้ยังไม่มีหลักฐานที่ชัดเจน)