ชื่อนราธิวาสเป็นชื่อที่ตั้งขึ้นมาใหม่ในปี พ.ศ. 2458 ชื่อเดิมของพื้นที่นี้คือ มนารา หรือ มนารอ (มลายู: Menara, منارا) ซึ่งมีความหมายว่า "หอคอย"[3] ที่กลายมาจากคำว่า กัวลามนารา (มลายู: Kuala Menara) ที่มีความหมายว่า "กระโจมไฟ" หรือ "หอคอยที่ปากน้ำ"[3] ส่วนชาวไทยที่นับถือศาสนาพุทธจะเรียกว่า บางนรา หรือ บางนาค[3] ต่อมาในปี พ.ศ. 2458 พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้เปลี่ยนชื่อเมืองขึ้นใหม่ว่า นราธิวาส[4] อันมีความหมายว่า “ที่อยู่อันยิ่งใหญ่ของประชาชน” ไม่ใช่ “ที่อยู่ของคนดี” ตามที่มีเผยแพร่ปรากฏอยู่ตามข้อมูลส่วนใหญ่