จังหวัดนราธิวาส เดิมมีฐานะเป็นเพียงเมืองหนึ่งในอาณาจักรลังกาสุกะซึ่งพบหลักฐานโบราณคดีค่อนข้างน้อยเช่น ซากเจดีย์ 3 องค์บริเวณวัดเขากง อายุ1,300ปี(ต่อมาถูกรื้อถอนแล้วสร้างพระพุทธทักษิณมิ่งมงคลแทน) พระพุทธรูปและพระโพธิสัตว์นิกายมนตยานบริเวณวัดเขากงเช่นกัน ต่อมา กลายเป็นอำเภอหนึ่ง เรียกว่า อำเภอบางนรา ขึ้นกับเมืองสายบุรี ซึ่งเป็นหนึ่งในเจ็ดหัวเมืองภาคใต้ ต่อมาได้โอนไปขึ้นกับเมืองระแงะ ซึ่งเป็นหนึ่งในเจ็ดหัวเมืองเช่นกัน โดยประวัติความเป็นมาของนราธิวาสนั้น มีความชื่อมโยงกับเรื่องราวของเมืองปัตตานี เมืองสายบุรี และเมืองระแงะ

ในสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช รัชกาลที่ 1 แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ ได้มีรับสั่งให้กรมพระราชวังบวรมหาสุรสีหนาท ยกทัพหลวงลงมาปักษ์ใต้เพื่อปราบปรามข้าศึกที่เข้ามาทางปักษ์ใต้ เมื่อข้าศึกแตกพ่ายหนีไปหมดแล้ว จึงเสด็จประทับ ณ เมืองสงขลา และได้มีรับสั่งออกไปถึงหัวเมืองมลายูทั้งหลาย ที่เคยขึ้นกับอยุธยามาก่อน ให้มาอ่อนน้อมดังเดิม โดยพระยาไทรบุรี และพระยาตรังกานูยอมอ่อนน้อมแต่โดยดี แต่พระยาปัตตานีแข็งเมืองไม่ยอมอ่อนน้อม จึงรับสั่งให้ยกทัพไปเมืองปัตตานีเมื่อ พ.ศ. 2332 เมื่อได้เมืองปัตตานีแล้ว ได้โปรดเกล้าฯ ให้พระราชทานตราตั้งให้แก่พระยาสงขลา (บุญฮุย) เป็นพระยาปัตตานี และให้อยู่ในความกำกับดูแลของเมืองสงขลาต่อไป และตั้งในเป็นเมืองมนตรีขึ้นอยู่กับกรุงรัตนโกสินทร์โดยตรง ในระหว่างที่พระยาปัตตานี (ขวัญซ้าย) ว่าราชการเมืองปัตตานีอยู่นั้น บ้านเมืองสงบเรียบร้อยปกติสุขตลอดมา ครั้นเมื่อพระยาปัตตานีถึงแก่กรรม โปรดเกล้าฯ ให้นายพ่าย น้องชายพระยาหลวงสวัสดิภักดีผู้ช่วราชการเมืองปัตตานี และได้ย้ายที่ว่าการเมืองปัตตานีจากบ้านมะนา (อ่าวนาเกลือ) ไปตั้งอยู่ที่บ้านยามู

ในระหว่างนั้นพวกของซาเห็ดรัตนวงศ์ฯ และพวกโมเซฟได้เริ่มก่อกวนความสงบสุขของบ้านเมือง โดยคบคิดกับปล้นบ้านพระยาปัตตานี และบ้านหลวงสวัสดิภักดี แต่ก็ได้ถูกตีถอยหนีไปหลบซ่อนตัวอยู่ที่บ้านกะลาพอ แขวงเมืองสายบุรี นอกจากนั้นเมืองปัตตานีซึ่งมีอาณาเขตกว้างขวาง และมีโจรผู้ร้ายชุกชุม เที่ยวปล้นบ้านเรือนราษฎรจนเหลือกำลังที่พระยาปัตตานีจะปราบให้ราบคาบได้ จึงแจ้งราชการไปยังเมืองสงขลา พระยาสงขลา (เถียนจ๋อง) ออกมาปราบปราม และจัดนโยบายแบ่งแยกเมืองปัตตานีออกเป็น 7 เมือง ได้แก่ เมืองปัตตานี, เมืองหนองจิก, เมืองยะลา, เมืองรามันห์, เมืองระแงะ, เมืองสายบุรี และเมืองยะหริ่ง ต่อมาในสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 3 ได้มีพระยาปัตตานี (ต่วนสุหลง), พระยาหนองจิก (ต่วนกะจิ), พระยายะลา (ต่วนบางกอก) และพระยาระแงะ (หนิเดะ) โดยเจ้าเมืองทั้ง 4 ได้สมคบคิดกันเป็นกบฏขึ้น จึงโปรดเกล้าให้พระยาเพชรบุรี และพระยาสงขลา (เถี้ยนเส้ง) ลงมาปราบ และพิจารณาเห็นว่า หนิบอสูชาวบ้านบางปูซึ่งพระยายะหริ่แต่งตั้งให้เป็นกรมการเมืองยะหริ่งได้เป็นกำลังสำคัญ และได้ทำการต่อสู้ด้วยความกล้าหาญยิ่ง ด้วยคุณงามความดีนี้จึงได้แต่งตั้งให้เป็นผู้รักษาราชการเมืองระแงะ สืบต่อจากพระยาระแงะ (หนิเดะ) ที่หนีไป และได้ย้ายที่ว่าราชการจากบ้านระแงะมาตั้งใหม่ที่ตำบลตันหยงมัส

ในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 ทรงให้ยกเลิกการปกครองแบบเก่า เพราะการแบ่งเขตแขวงการปกครอง และตำแหน่งหน้าที่ราชการในหัวเมืองทั้ง 7 ที่ยังทับซ้อนกันอยู่หลายแห่ง จึงได้วางระเบียบแผนการปกครองและตำแหน่งหน้าที่ราชการให้เป็นระเบียบตามสมควรแก่กาลสมัย เมื่อวันที่ 10 ธันวาคม พ.ศ. 2444

ต่อมาเมื่อวันที่ 27 กรกฎาคม พ.ศ. 2449 มีประกาศพระบรมราชโองการให้แยกบริเวณ 7 หัวเมืองออกมาจากมณฑลเทศาภิบาล เรียกว่า มณฑลปัตตานี เพื่อสะดวกแก่ราชการ และทำนุบำรุงบ้านเมืองให้เจริญขึ้นกว่าแต่ก่อน ในปี พ.ศ. 2458 ได้ย้ายที่ว่าราชการจากเมืองระแงะ ตำบลตันหยงมัส มาตั้งที่บ้านมะนาลอ (บางมะนาวในปัจจุบัน) อำเภอบางนรา ส่วนท้องที่เมืองระแงะ และได้ยกฐานะอำเภอบางนราขึ้นเป็นเมืองบางนรา มีอำเภอในการปกครองได้แก่ อำเภอบางนรา, อำเภอตันหยงมัส, กิ่งอำเภอยะบะ, อำเภอสุไหงปาดี และกิ่งอำเภอโต๊ะโมะ

ครั้นต่อมาสมัยพระบาทสมเด็จพระมงกุฏเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 6 ได้เสด็จประพาสมณฑลปักษ์ใต้ เมื่อพระองค์เสด็จถึงเมืองบางนรา ทรงพระราชทานพระแสงศาสตราแก่เมืองบางนรา และทรงดำริว่าบางนรานั้นเป็นชื่อตำบลบ้าน และควรที่จะมีชื่อเมืองไว้เป็นหลักฐานสืบไป จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้เปลี่ยนชื่อเป็น "เมืองนราธิวาส" ซึ่งหมายถึงที่อยู่ของคนดี เมื่อวันที่ 10 มิถุนายน พ.ศ. 2458

ในปี พ.ศ. 2476 ได้มีการปรับปรุงระเบียบบริหารราชการส่วนภูมิภาคครั้งยิ่งใหญ่ และให้เปลี่ยนชื่อเมืองเป็นจังหวัด เมืองนราธิวาสจึงเป็นเปลี่ยนเป็น "จังหวัดนราธิวาส" จากนั้นเป็นต้นมา