จังหวัดประจวบคีรีขันธ์มีประวัติศาสตร์ความเป็นมาไม่ค่อยแน่ชัด เนื่องจากเป็นพื้นที่แคบ ยามมีศึกสงครามยากแก่การป้องกันจึงต้องปล่อยให้เป็นเมืองร้างหรือยุบเมืองเป็นส่วนหนึ่งของเมืองเพชรบุรี ในอดีตเป็นเพียงเมืองชั้นจัตวาเล็ก ๆ ที่รวมกันอยู่ภายใต้การปกครองของเมืองเพชรบุรี พอถึงรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยจึงได้โปรดเกล้าฯ ตั้ง เมืองบางนางรม ที่ปากคลองบางนางรม แต่ที่ดินไม่เหมาะสมแก่การเพาะปลูกจึงย้ายที่ว่าการเมืองไปตั้งที่เมืองกุย ที่มีความอุดมสมบูรณ์และการตั้งบ้านเรือนหนาแน่นกว่า

ครั้นรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พ.ศ. 2398 โปรดเกล้าฯ ให้รวมเมืองกุย เมืองคลองวาฬ และเมืองบางนางรมเข้าด้วยกัน โดยที่ตั้งเมืองยังคงตั้งอยู่ที่เมืองกุย (คืออำเภอกุยบุรีในปัจจุบัน) และโปรดเกล้าฯ ให้เปลี่ยนชื่อเมืองกุยเป็น เมืองประจวบคีรีขันธ์ เพื่อให้ชื่อคล้องจองกันกับเมืองประจันตคีรีเขตซึ่งเดิมคือเกาะกงที่แยกออกจากจังหวัดตราด

ครั้นถึงรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พ.ศ. 2441 จึงย้ายเมืองมาอยู่ที่บ้านเกาะหลัก ต่อมาพระองค์ทรงจัดการปกครองแบบมณฑลเทศาภิบาล เมืองประจวบคีรีขันธ์ เมืองชั้นจัตวาซึ่งขึ้นตรงกับเมืองเพชรบุรี มีฐานะเป็นอำเภอเมืองประจวบคีรีขันธ์ สังกัดเมืองเพชรบุรี ในช่วงนี้เมืองปราณบุรีซึ่งมีอาณาเขตติดอำเภอเมืองประจวบคีรีขันธ์ด้านทิศเหนือและเคยมีฐานะเป็นเมืองชั้นจัตวาขึ้นกับเมืองเพชรบุรี ก็ได้จัดตั้งเป็นอำเภอเมืองปราณบุรี สังกัดเมืองเพชรบุรีด้วย[3] ส่วนเมืองกำเนิดนพคุณขึ้นตรงกับเมืองชุมพร ด้วยมีพระราชดำริสงวนชื่อเมืองปราณไว้ (เมืองเก่าที่ตั้งอยู่ที่ปากน้ำปราณบุรี) ต่อมา วันที่ 2 มกราคม พ.ศ. 2449 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวได้มีพระบรมราชโองการให้รวมเอาอำเภอเมืองปราณบุรี อำเภอเมืองประจวบคีรีขันธ์ เมืองเพชรบุรี และอำเภอกำเนิดนพคุณ เมืองชุมพร ซึ่งเป็นเมืองชั้นจัตวามาก่อน ตั้งเป็นเมืองปราณบุรี[4] มีที่ทำการเมืองอยู่ที่ตำบลเกาะหลัก ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงได้มีการเปลี่ยนชื่อเมืองปราณบุรีเป็นเมืองประจวบคีรีขันธ์ เพื่อป้องกันการสับสนกับเมืองปราณที่ปากน้ำปราณบุรี[5][6] หลังจากมีการยกเลิกระบบการปกครองแบบมณฑลเทศาภิบาล เมืองประจวบคีรีขันธ์จึงไม่ได้ขึ้นตรงกับเมืองเพชรบุรีและมณฑลราชบุรีอีก