จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ถือกำเนิดจาก “โรงเรียนสำหรับฝึกหัดวิชาข้าราชการฝ่ายพลเรือน” ซึ่งพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 30 มีนาคม พ.ศ. 2442 (นับวันขึ้นปีใหม่แบบไทยคือ พ.ศ. 2441) ณ ตึกยาว ข้างประตูพิมานชัยศรี ในพระบรมมหาราชวัง ด้วยมีพระราชปรารภที่จะทรงจัดการปกครองพระราชอาณาจักรให้ทันกาลสมัย จึงจัดตั้งโรงเรียนเพื่อฝึกหัดนักเรียนสำหรับรับราชการปกครองขึ้นในกระทรวงมหาดไทย ซึ่งนักเรียนที่จบการศึกษาจากโรงเรียนแห่งนี้ จะได้รับพระราชทานพระบรมราชานุญาต ให้ถวายตัวเป็นมหาดเล็กรับราชการใกล้ชิดพระองค์ และด้วยประเพณีโบราณที่ข้าราชการจะถวายตัวเข้าศึกษางานในกรมมหาดเล็ก ก่อนที่จะออกไปรับตำแหน่งในกรมอื่น ๆ ดังนั้น พระองค์จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้เปลี่ยนนามโรงเรียนเป็น “โรงเรียนมหาดเล็ก” เมื่อวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2445[35] เพื่อเป็นรากฐานของสถาบันการศึกษาขั้นสูงต่อไปในอนาคต ดังจะเห็นได้จากพระราชดำรัสในพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวที่ได้พระราชทานแก่พระราชวงศ์ และข้าราชการซึ่งเข้าเฝ้าทูลละอองธุลีพระบาทในงานของโรงเรียนราชกุมารในพระบรมมหาราชวัง ความตอนหนึ่งดังนี้[36]

ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว มีพระราชดำริที่จะขยายการจัดการศึกษา เพื่อผลิตนักเรียนไปรับราชการในกระทรวง ทบวง กรมอื่น ๆ ไม่เฉพาะกระทรวงมหาดไทยเท่านั้น จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ยกโรงเรียนมหาดเล็กเป็นโรงเรียนข้าราชการพลเรือน โดยใช้วังวินด์เซอร์เป็นสถานที่ประกอบการเรียนการสอน และสถาปนาขึ้นเมื่อวันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2453 พร้อมทั้ง พระราชทานนามโรงเรียนแห่งนี้ว่า “โรงเรียนข้าราชการพลเรือนของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว” เนื่องจากเป็นโรงเรียนที่พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวได้มีพระราชดำริจัดตั้งขึ้น และได้ใช้เงินคงเหลือจากการที่ราษฎรเรี่ยรายกันเพื่อสร้างพระบรมรูปทรงม้า เป็นเงินจำนวน 982,672 บาท 47 สตางค์[39] มากกว่ามูลค่าการก่อสร้างพระบรมรูปทรงม้าถึงห้าเท่าตัว[40] มาใช้เป็นทุนของโรงเรียนแห่งนี้[41] นอกจากนี้ ยังทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้กำหนดที่ดินพระคลังข้างที่รวมเนื้อที่ทั้งสิ้น 1,309 ไร่เป็นเขตโรงเรียน[42] โดยมีการจัดการศึกษาใน 5 โรงเรียน (คณะในปัจจุบัน) ได้แก่ โรงเรียนรัฎฐประศาสนศาสตร์ โรงเรียนคุรุศึกษา (โรงเรียนฝึกหัดครู) โรงเรียนราชแพทยาลัย โรงเรียนเนติศึกษา (โรงเรียนกฎหมาย) และโรงเรียนยันตรศึกษา[43]

ต่อมา พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระราชดำริเห็นสมควรที่จะขยายการศึกษาในโรงเรียนข้าราชการพลเรือนฯ ให้กว้างขวางยิ่งขึ้น คือ ไม่เฉพาะสำหรับผู้ที่จะเล่าเรียนเพื่อรับราชการเท่านั้น แต่ผู้ใดที่มีความประสงค์จะศึกษาขั้นสูงก็สามารถเข้าเรียนได้ทั่วถึงกัน จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ประดิษฐานโรงเรียนข้าราชการพลเรือนของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ขึ้นเป็นมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 26 มีนาคม พ.ศ. 2459 พร้อมทั้งพระราชทานนามว่า “จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย” เพื่อเป็นพระบรมราชานุสาวรีย์เฉลิมพระเกียรติแห่งพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว โดยให้มหาวิทยาลัยแห่งนี้สังกัดอยู่ในกระทรวงธรรมการ[44] ซึ่งเป็นไปตามพระราชดำรัสในพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวที่พระราชทานแก่ผู้มาร่วมงานพระราชพิธีวางศิลาพระฤกษ์ตึกบัญชาการโรงเรียนข้าราชการพลเรือนของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (อาคารมหาจุฬาลงกรณ์ในปัจจุบัน) เมื่อวันจันทร์ที่ 3 มกราคม พ.ศ. 2458 เวลา 16 นาฬิกา 7 นาที ดังนี้

ในระยะแรกจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยการจัดการศึกษาของมหาวิทยาลัยอยู่เพียงระดับประกาศนียบัตรพร้อมกับเตรียมการเรียนการสอนในระดับปริญญา โดยจัดการศึกษาออกเป็น 2 วิทยาเขต คือ วิทยาเขตปทุมวันและวิทยาเขตโรงพยาบาลศิริราช จัดการเรียนการสอนออกเป็น 4 คณะ ได้แก่ คณะรัฐประศาสนศาสตร์ คณะแพทยศาสตร์แห่งจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย[47] (คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล มหาวิทยาลัยมหิดล ในปัจจุบัน) คณะวิศวกรรมศาสตร์ และ คณะอักษรศาสตร์และวิทยาศาสตร์ ส่วนโรงเรียนฝึกหัดครูย้ายกลับไปสังกัดกรมศึกษาธิการ กระทรวงธรรมการ และโรงเรียนกฎหมายย้ายกลับไปสังกัดกระทรวงยุติธรรม[48]

ต่อมาเมื่อ พ.ศ. 2465 พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จพระเจ้าน้องยาเธอ เจ้าฟ้ามหิดลอดุลยเดช กรมขุนสงขลานครินทร์ (สมเด็จพระมหิตลาธิเบศร อดุลยเดชวิกรม พระบรมราชชนก) ทรงเป็นหัวหน้าคณะผู้แทนไทยในการติดต่อขอความร่วมมือจากมูลนิธิร็อกเกอะเฟลเลอร์[49] เพื่อปรับปรุงมาตรฐานการศึกษาของจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย[50] เป็นผลให้จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยสามารถจัดการศึกษาในระดับปริญญาได้[51][52][53]

หลังจากนั้น จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยได้ขยายการจัดการศึกษาโดยจัดตั้งคณะและแผนกอิสระเพิ่มขึ้นอีกหลายแห่ง ได้แก่ คณะนิติศาสตร์ โดยการรวมโรงเรียนกฎหมาย กระทรวงยุติธรรมและแผนกวิชาข้าราชการพลเรือน (คณะรัฐประศาสนศาสตร์เดิม) เข้าไว้ด้วยกัน[54][55] แผนกอิสระเภสัชกรรมศาสตร์ แผนกอิสระสัตวแพทยศาสตร์ แผนกอิสระสถาปัตยกรรมศาสตร์ และแผนกอิสระทันตแพทยศาสตร์[56] นอกจากนี้ ยังเริ่มเน้นการเรียนการสอนอันเป็นพื้นฐานของวิชาชีพในระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย โดยจัดตั้งโรงเรียนเตรียมมหาวิทยาลัย คือ โรงเรียนเตรียมอุดมศึกษาแห่งจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย (โรงเรียนเตรียมอุดมศึกษาในปัจจุบัน)

ระหว่าง พ.ศ. 2476–2486 การจัดการศึกษาของจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยเกิดการเปลี่ยนแปลงอีกครั้ง โดยมีการโอนย้ายส่วนราชการออกจากจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยบางส่วนเพื่อจัดตั้งเป็นมหาวิทยาลัยแห่งใหม่ขึ้น กล่าวคือ เมื่อ พ.ศ. 2476 มีการโอนคณะนิติศาสตร์และรัฐศาสตร์ไปขึ้นตรงกับมหาวิทยาลัยวิชาธรรมศาสตร์และการเมือง (มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ในปัจจุบัน)[57] และ พ.ศ. 2486 มีการโอนย้ายคณะแพทยศาสตร์และศิริราชพยาบาล แผนกอิสระทันตแพทยศาสตร์ แผนกอิสระสัตวแพทยศาสตร์ และแผนกอิสระเภสัชกรรมศาสตร์ เพื่อตั้งเป็นมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ (มหาวิทยาลัยมหิดลในปัจจุบัน)[58] อย่างไรก็ตาม คณะเภสัชศาสตร์ คณะทันตแพทยศาสตร์ และคณะสัตวแพทยศาสตร์ ยังคงใช้สถานที่ของจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยเพื่อจัดการศึกษาอยู่ ดังนั้น ทั้ง 3 คณะจึงโอนกลับมาเป็นคณะวิชาในสังกัดจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยอีกครั้งในระยะต่อมา[59][60]

เมื่อจอมพล แปลก พิบูลสงคราม ดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรี มีการเปลี่ยนแปลงและปรับปรุงด้านภาษาและหนังสือหลายประการ เช่น ยกเลิกการใช้อักษร "ฬ" ให้ใช้ "ร, ล" แทน และ ยกเลิกการใช้ "ณ" ให้ใช้ "น" แทน[61] ดังนั้น จึงได้ปรากฏการเขียนชื่อมหาวิทยาลัยในรูปแบบอื่นอีก ได้แก่ "จุลาลงกรน์มหาวิทยาลัย"[62] ซึ่งเป็นการเปลี่ยนแปลงไปตามสมัยนิยม อย่างไรก็ตาม เมื่อมีการเปลี่ยนแปลงรัฐบาลใหม่ ใน พ.ศ. 2487 ก็มีการประกาศยกเลิกการเปลี่ยนแปลงดังกล่าว และให้กลับไปใช้การเขียนภาษาในรูปแบบเดิม การเขียนชื่อมหาวิทยาลัยจึงกลับเป็นแบบเดิม หลังจากนั้น ในช่วง พ.ศ. 2497 - พ.ศ. 2514 ยังสามารถพบการเขียนนามมหาวิทยาลัยว่า "จุฬาลงกรณมหาวิทยาลัย" ซึ่งไม่มีเครื่องหมายทัณฑฆาตที่ "ณ" เช่น พระราชบัญญัติจุฬาลงกรณมหาวิทยาลัย ฉบับที่ 4, 5 และ 6[63]

ระหว่าง พ.ศ. 2486–2503 มหาวิทยาลัยก็ได้ขยายการศึกษาไปยังสาขาต่าง ๆ ให้กว้างขวางขึ้นโดยเน้นการศึกษาในระดับปริญญาตรีเป็นหลัก โดยมีการจัดตั้งคณะขึ้นใหม่หลายสาขา และตั้งแต่ พ.ศ. 2504 ถึงปัจจุบัน มหาวิทยาลัยได้ขยายการศึกษาระดับปริญญาตรีอย่างกว้างขว้าง พร้อมกับพัฒนาการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษา และก่อตั้งหน่วยงานต่าง ๆ เพื่อสนับสนุนการเรียนการสอนและงานบริการทางวิชาการแก่สังคม