ชนิดย่อย หรือ พันธุ์ย่อย หรือ สปีชีส์ย่อย (อังกฤษ: subspecies) หมายถึง สิ่งมีชีวิตในสกุล (genus) เดียวกัน และจัดอยู่ในชนิด (species) เดียวกัน แต่มีความแตกต่างกันบ้างเล็กน้อยซึ่งไม่สามารถแยกแยะออกเป็นชนิดใหม่ได้ จึงจัดเป็นชนิดย่อย โดยใช้ชื่อไตรนาม เช่น เต่าปูลู (Platysternon megacephalum pequense) เต่าปูลูเหนือ (Platysternon megacephalum megacephalum) เต่าปูลูใต้ (Platysternon megacephalum vogeli) เป็นต้น ความแตกต่างของชนิดย่อยมักอยู่ที่ลวดลาย สีสัน หรือขนาดลำตัว อันเนื่องจากสภาพภูมิประเทศที่อยู่ที่แตกต่างกัน ปกติชนิดย่อยของสัตว์นิยมเรียกว่า subspecies ส่วนพืชเรียกว่า variety