ไวรัสชิคุนกุนยาเป็น alphavirus คล้ายกับไวรัส O'nyong'nyong[15] ไวรัสRoss River ในออสเตรเลีย และไวรัสที่ทำให้เกิดโรคสมองอักเสบชนิด eastern equine encephalitis และ western equine encephalitis[16]

โดยปรกติ เชื้อจะแพร่โดยยุง Aedes aegypti แต่จากการค้นคว้าของ Pasteur Institute ในปารีส กล่าวว่า ไวรัสชิคุนกุนยาสายพันธุ์ที่ระบาดในปี 2005-2006 บริเวณ Reunion Island ได้เกิดการผ่าเหล่าซึ่งทำให้สามารถถ่ายทอดโดยยุงเสือได้ (Aedes albopictus) [17] ผู้เชี่ยวชาญด้านการระบาดของโรคที่มีแมลงเป็นพาหะที่ University of Texas Medical Branch in Galveston Texas ได้ยืนยันในการผ่าเหล่านี้ว่าเกิดจาก point mutationในยีนเอนเวโลป (envelope genes) E1[18].[19] การผ่าเหล่านี้ทำให้การระบาดสามารถขยายวงกว้างไปสู่บริเวณที่มียุงเสือด้วยนั่นเอง

ในแอฟริกา เชื้อจะระบาดแบบ sylvatic cycle คือเชื้อจะอาศัยอยู่ในร่างกายของสัตว์พวก primates และถ่ายทอดวนมาสู่คน[16]

วันที่ 28 พฤษภาคม 2552 ในจังหวัดตรังของประเทศไทยซึ่งไวรัสชิคุนกุนยาระบาดมากในภาคใต้โดยเฉพาะในหมู่ทหาร แพทย์โรงพยาบาลจังหวัดตรังทำคลอดก่อนกำหนดให้แก่นางขวัญฤทัย สุดเมือง อายุ 28 ปี ผู้ติดไวรัสนี้ เนื่องจากเกรงการส่งผ่านเชื้อระหว่างมารดาสู่ทารก อย่างไรก็ดี เมื่อผ่าตัดทำคลอดนำทารกเพศชายออกมาได้โดยปลอดภัยแล้วกลับพบว่าทารกก็ติดไวรัสนี้ด้วย โดยมีอาการไม่สามารถหายใจเองได้และไม่สามารถดื่มนมได้ แพทย์จึงเฝ้าดูแลอย่างใกล้ชิด โดยสันนิษฐานว่าไวรัสชิคุนกุนยาสามารถส่งผ่านจากแม่สู่ลูกได้ ขณะที่ยังไม่มีการยืนยันจากห้องปฏิบัติการถึงข้อสันนิษฐานนี้[20]