ผลงานเพลงของซูเปอร์จูเนียร์นั้น อาจจะกล่าวได้ว่า เป็นแนว เค-ป๊อป อันเป็นแนวเพลงที่กำลังได้รับความนิยม เพลงในลักษณะนี้มักจะมีการผสมผสานกันระหว่างดนตรี ร็อค และ อาร์แอนด์บี เพิ่มเข้ามาด้วย ซิงเกิลเปิดตัวของพวกเขา "TWINS (Knock Out)" เป็นเพลงที่ถูกนำกลับมาร้องใหม่ หรือที่เรียกว่า เพลงคัฟเวอร์ ต้นฉบับเดิมเป็นของวง "Triple Eight" บอยแบนด์จากเกาะอังกฤษในชื่อเพลง "Knockout" ออกวางจำหน่ายในปี พ.ศ. 2546 ในฉบับของซูเปอร์จูเนียร์นั้นมีการเปลี่ยนแปลงสไตล์ของเพลงให้เป็นแร็ป-ร็อคที่หนักหน่วงยิ่งขึ้นกว่าเดิม ด้วยท่อนแร็ปที่เร็วขึ้น และเน้นเสียงเบสที่มีจังหวะรุนแรง[17] ซิงเกิลต่อมา "Miracle" เป็นเพลงรักในแนวป๊อปที่เบาสบาย ส่วนซิงเกิล "U" อาจเรียกได้ว่า เป็นแนวเออร์บัน เพราะได้รับอิทธิพลของดนตรีอาร์แอนด์บีเข้ามาใช้มากขึ้น

ในอัลบั้มที่ 2 "Don't Don" ซิงเกิลเปิดอัลบั้มในชื่อเดียวกันนั้น เป็นเพลงร็อกที่หนักหน่วง บวกกับแร็ปและอาร์แอนด์บี และได้มีการนำเอาไวโอลินเข้ามาประกอบด้วย ในขณะที่ซิงเกิลที่ 2 อย่าง "Marry U" เป็นเพลงบัลลาด อาร์แอนด์บี นอกจากนี้ยังเพลงกึ่งฮิปฮอบอย่าง "A Man In Love" ซึ่งประกอบด้วยเครื่องดนตรีแบบเคาะให้จังหวะ เช่น djemba ของแอฟริกัน และ tabla ของอินเดีย

ฮีช็อล, ชินดง และอึนฮย็อก มีรายชื่อในฐานะผู้เขียนท่อนแร็ปในซิงเกิลร่วมระหว่างซูเปอร์จูเนียร์ และทงบังชินกิ อย่าง "Show Me Your Love" [18] นอกจากนั้น อึนฮย็อก ยังมีชื่อในฐานะผู้เขียนท่อนแร็ปของซิงเกิล "U" อีกด้วย ในอัลบั้ม "Don't Don" สมาชิกหลายคนได้เริ่มมีบทบาทมากขึ้นในส่วนของการเขียนเนื้อเพลง อีทึก, ซ็องมิน, อึนฮย็อก และดงแฮ ร่วมกันเขียนเพลงในสไตล์ป๊อปชื่อ "I am" และอึนฮย็อกยังคงเป็นสมาชิกหลักที่มีบทบาทมากที่สุดในการเขียนและร้องแร็ปในอัลบั้มชุดนี้

ลักษณะเสียงและความสามารถในการขับร้อง

การที่ซูเปอร์จูเนียร์มีจำนวนสมาชิกที่มากถึง 13 คนนั้นย่อมหมายถึง การมีเสียงในลักษณะแตกต่างและหลากหลายช่วง สมาชิกบางคน โดยเฉพาะ เยซ็อง นั้นได้รับการยอมรับถึงความสามารถในการใช้เทคนิคโหนเสียงสูง อีทึก, ฮีช็อล, ฮันคยอง, ซ็องมิน, ดงแฮ และรยออุก จัดว่ามีเสียงอยูในช่วงแบริโทนขั้นสูง จนถึง ช่วงเทเนอร์ ในขณะที่คังอิน และชีว็อนมีเสียงอยู่ในช่วงแบริโทนที่ต่ำกว่า ส่วนชินดง, อึนฮย็อก, คีบอม และคยูฮย็อนนั้นมีเสียงอย่ในช่วงเบส

ในฐานะแร็ปเปอร์ของวง อึนฮย็อก, ชินดง, คีบอม,ฮีช็อลและดงแฮ ล้วนมีความสามารถในการสังเคราะห์จังหวะ และการขยับลิ้นที่รัวเร็ว

ข้อกังขาในเรื่องความสามารถ

ซูเปอร์จูเนียร์ถูกมองว่ายังขาดความสามารถในการขับร้องและยังถูกกังขาในเรื่องของการลิปซิง โดยในประเด็นดังกล่าวร้อนแรงยิ่งขึ้น หลังจากทางวงขึ้นแสดงในรายการ Music Core ทางสถานีโทรทัศน์เอ็มบีซี ของเกาหลีใต้ ซึ่งเป็นรายการสำหรับการแสดงสด ถึงแม้ว่าแฟน ๆ จะออกมาโต้แย้งว่า นั่นเป็นอาการเจ็บป่วยของฮีช็อลอันนำมาซึ่งความไม่พร้อมในการใช้เสียง (เพราะเขาได้ใช้เสียงในการทำโทนเสียงเอฟเฟคต์ในเพลง Don't don จนไอออกมาเป็นเลือดทุกครั้งที่แสดง) แต่นักวิจารณ์กลับมีความเห็นว่า คำอธิบายดังกล่าวฟังไม่ขึ้น โดยนักวิจารณ์มองว่า ในฐานะวงดนตรีที่มีสมาชิกจำนวนกว่า 13 คน อาการเจ็บป่วยของสมาชิกเพียงคนเดียวย่อมไม่อาจนำมาเป็นข้ออ้างได้ แต่อย่างไรก็ดี การถูกวิพากษ์วิจารณ์อย่างหนักนี้ ไม่ได้เป็นอุปสรรคต่อความนิยมของแฟนเพลงที่มีต่อซูเปอร์จูเนียร์ โดยยอดขายอัลบั้มยังดำเนินไปอย่างเป็นที่น่าพอใจ

และเพื่อเป็นการลบคำสบประมาท ในการขึ้นแสดงเพลง Don't Don เพื่อประกาศการกลับมาพร้อมกับอัลบั้มที่ 2 นั้น ซูเปอร์จูเนียร์ได้แสดงสดทั้งหมด โดยในทัวร์คอนเสิร์ตซูเปอร์โชว์ ได้มีการใช้ลิปซิ้งเพียง 6 เพลงเท่านั้น ซึ่งก็ได้รับคำวิจารณ์ในเชิงบวก

รูปแบบการเต้น

จุดเด่นในการแสดงบนเวทีของซูเปอร์จูเนียร์อย่างหนึ่งคือ การเต้น รูปแบบการเต้นของพวกเขานั้นเรียกกันว่า "การเต้นบนท้องถนน" หรือ "สตรีท แดนซิ่ง" ซึ่งกำลังเป็นที่นิยมอยู่ในขณะนี้ การเต้นในลักษณะดังกล่าวมีพื้นฐานมาจากการเต้นในสไตล์ฮิปฮอป หรือ บี-บอย ในเพลงส่วนใหญ่ของซูเปอร์จูเนียร์นั้นจะมีท่อนบริดจ์ ซึ่งจะมีสมาชิก 2 – 6 คนออกมาเต้น ฮันคยอง, ชินดง, อึนฮย็อก, และดงแฮ เป็นสมาชิกที่มีทักษะการเต้นอยู่ในระดับ ๆ ต้นของวง และมักจะได้รับโอกาสไห้เต้นนำ และเต้นเดี่ยว อยู่บ่อยครั้ง นอกจากนี้ การเต้นโดยใช้รูปแบบของศิลปะป้องกันตัว ยังได้ถูกนำมาใช้ โดยเฉพาะฮันคยองและซ็องมินซึ่งมีความสามารถพิเศษในทักษะดังกล่าว และสมาชิกบางคนยังได้มีส่วนร่วมในการออกแบบท่าเต้น เช่น ชินดงซึ่งได้ออกแบบท่าเต้นให้กับซิงเกิล "U" รวมไปถึงเพลงอื่น ๆ ส่วนสมาชิกที่เหลือ ก็ได้ร่วมคิดท่าเต้นสำหรับซิงเกิล "Don’t Don" อีกด้วย นอกจากนี้ ซูเปอร์จูเนียร์ยังได้มีโอกาสรวมงานกับ นักออกแบบท่าเต้นชื่อดังอย่าง นิค แบส ที่เคยออกแบบท่าเต้นให้กับศิลปินระดับโลกอย่าง จัสติน ทิมเบอร์เลค โดยแบสเป็นผู้ออกแบบท่าเต้นสำหรับซิงเกิล "Sorry, Sorry" ซึ่งเป็นซิงเกิลแรกจากอัลบั้มที่ 3 นี้ด้วย[19]