กลุ่มนี้ตั้งอยู่ที่ดามัสกัส ประเทศซีเรียและเชื่อว่าแหล่งการเงินของกลุ่มมาจากซีเรียและอิหร่าน กลุ่มนี้เริ่มปฏิบัติการในเวสต์แบงก์และฉนวนกาซา แต่ก็มีการโจมตีในเลบานอนและจอร์แดนด้วย กลุ่มนี้มีลักษณะคล้ายฮามาสที่ใช้ศาสนาอิสลามในการโฆษณาชวนเชื่อเพื่อต่อต้านอิสราเอล พวกเขามีความเป็นพี่น้องกับมุสลิมในอียิปต์และรับเงินช่วยเหลือจากอิหร่าน

ฟาติ ชากากี เป็นผู้นำกลุ่มอยู่ 20 ปี เขาถูกฆ่าในมอลตาเมื่อเดือนตุลาคม พ.ศ. 2538 โดยกลุ่มที่ไม่ปรากฏชื่อ บางกลุ่มเชื่อว่าเป็นฝีมือของิสราเอล แต่ก็มีผู้เชื่อว่าเป็นฝีมือของปาเลสไตน์กลุ่มอื่น ญิฮาดอิสลามปาเลสไตน์ยังพยายามโจมตีอิสราเอลต่อไปหลังการตายของชากากี

ตั้งแต่เดือนกันยายน พ.ศ. 2543 ญิฮาดอิสลามปาเลสไตน์โจมตีอิสราเอลด้วยระเบิดพลีชีพหลายครั้ง การโจมตีหลายครั้งในเจนินระหว่าง พ.ศ. 2544 – 2545 ญิฮาดอิสลามปาเลสไตน์นำโดย มะห์มูด ตาวิลเบ อาลี เซฟอรี และตาเบธ มัรดาวี ออกมาอ้างความรับผิดชอบจนกระทั่งตาวัลเบถูกฆ่าและมัรดาวีถูกกองทัพอิสราเอลจับกุมตัว หลังการตายของชากากี ผู้นำกลุ่มคือ ราห์มาดาน ชาลลอห์ เป็นผู้ที่ถูกระบุว่าเกี่ยวข้องกับการก่อการร้ายโดยรัฐบาลสหรัฐตั้งแต่ พ.ศ. 2538 และกลายเป็นผู้อยู่ในรายชื่อของคนที่ตำรวจลับเอฟบีไอของสหรัฐต้องการตัวมากที่สุดใน พ.ศ. 2549