ดอมเพริโดนจะสลายผ่านระบบเอนไซม์ CYP3A4 เกือบทั้งหมด และเพราะเหตุนี้ ยายับยั้งหรือเสริมเอนไซม์นี้อาจเปลี่ยนเมแทบอลิซึมและความเข้มข้นของยาในเลือดนอกจากนั้น ยายังได้ระบุว่าเป็นตัวยับยั้งระบบเอน์ไซม์ CYP3A4 แบบผันกลับไม่ได้อย่างพอประมาณ (ที่ Ki = 12 μM)และได้ประเมินว่า มันอาจเพิ่มความเข้มข้นของตัวถูกเปลี่ยนของเอนไซม์ CYP3A4 ในเลือดโดยประมาณ 50%[55]

ยาคีโตโคนาโซลและ itraconazole ที่ล้วนใช้รักษาการติดเชื้อรา เป็นตัวยับยั้งเอนไซม์ CYP3A4 ที่มีฤทธิ์ และจะเพิ่มความเข้นข้นในเลือดของดอมเพริโดน[56][57]ในอาสาสมัครผู้มีสุขภาพดี คีโตโคนาโซลเพิ่มความเข้มข้นของดอมเพริโดนวัดโดย Cmax และ AUC ถึง 3-10 เท่า[58]ซึ่งตามมาด้วยการยืดคลื่นหัวใจช่วง QT interval ประมาณ 10-20 มิลลิวินาที เมื่อให้ดอมเพริโดน 10 มก. 4 ครั้งต่อวัน และให้คีโตโคนาโซล 200 มก. ต่อวัน เทียบเมื่อให้ดอมเพริโดนเท่ากันแต่อย่างเดียวจะไม่มีผลดังที่ว่า[58]ดังนั้น การใช้ดอมเพริโดนร่วมกับคีโตโคนาโซล หรือกับสารยับยั้ง CYP3A4 อื่น ๆ อาจเป็นอันตราย[58]

อิริโทรมัยซินและยาปฏิชีวนะกลุ่ม macrolide บางอย่าง เป็นสารยับยั้ง CYP3A4 และยับยั้งการสลายดอมเพริโดน (ในสภาพแวดล้อมที่ทำเทียมขึ้น) และดังนั้น ก็อาจเพิ่มความเข้มข้นของดอมเพริโดนและผลข้างเคียงที่อาจเกิดของมันนี่น่าเป็นห่วง เพราะยาทั้งสองอาจใช้รักษาอัมพฤกษ์กระเพาะอาหาร (gastroparesis)[59]

มีหลักฐานว่า ยาไม่ควรทานกับน้ำเกรปฟรูต ซึ่งก็เป็นตัวยับยั้ง CYP3A4 ด้วย[60]