ศาสนจักรแห่งความมืดเป็นส่วนหนึ่งของศาสนจักร ไม่เคยเปิดเผยตัวตนให้สังคมภายนอกรับรู้ เพียงใช้นามของเอ็กโซซิสท์ มีกองกำลังและฐานทัพย่อยทั่วโลกเพื่อไล่ล่าทำลาย Akuma (อาคุม่า) และ Noah (โนอา) นอกจากนั้นยังมีหน้าที่พัฒนาอาวุธในการต่อกรกับเหล่าปีศาจ รวมทั้งศึกษาความเป็นไปของ อินโนเซนส์ หรือจตุรัสศิลาจากบันทึกโบราณ มีสัญลักษณ์เป็นไม้กางเขนหลายแฉก พร้อมตามคำอวยพรโบราณ เพื่อเป็นการเชื้อเชิญเหล่า อาคุม่า ในร่างมนุษย์ให้ออกมาหา เอ็กโซซิสท์ นั่นเอง

แม้ศาสนจักรแห่งความมืดจะเป็นองค์กรลับ แต่ได้รับเงินทุนสนับสนุนจากทั่วโลกตลอดเวลา การปฏิบัติการของเหล่าเอ็กโซซิสท์และหน่วยค้นหาจะมีหน่วยงานที่เกี่ยวข้องคอยออกค่าใช้จ่ายทั้งหมด โดยเฉพาะเครื่องแบบของเอ็กโซซิสท์ จะมีสัญลักษณ์กางเขนกุหลาบติดไว้เพื่อใช้เป็นบัตรผ่านไปยังสถานที่ต่าง ๆ รวมทั้งสิทธิพิเศษบางอย่างในการเดินทางอีกด้วย