ตระกูลโทกูงาวะ (ญี่ปุ่น: 徳川氏 โรมาจิ: โทกูงาวะ-ชิ) เป็นตระกูลไดเมียวที่ทรงอำนาจของญี่ปุ่นในอดีต เป็นเชื้อสายของ จักรพรรดิเซวะ ผ่านราชสกุลฟุจิวะระและราชสกุลมินะโมโตะค.ศ. 1603 โทกูงาวะ อิเอยาซุ ผู้นำทางทหารที่สามารถรวบรวมแว่นแคว้นมากมายมาอยู่ในอาณัติ ได้สถาปนาตนเองเป็นโชกุน โดยตั้งรัฐบาลเอโดะ ขึ้น โดยมีสกุลโทกูงาวะ เป็นผู้สืบตำแหน่งโชกุนเรื่อยมา จนกระทั่งสิ้นสุดการปกครองของโชกุนในสมัยของ โทกูงาวะ โยชิโนบุ โชกุนคนสุดท้ายรัฐบาลโชกุนมีลักษณะเป็นรัฐบาลทหาร กุมอำนาจทางทหารของประเทศไว้ ในขณะที่ตระกูลฟุจิวะระ มีอิทธิพลอยู่แค่ส่วนของราชสำนักขององค์จักรพรรดิ แม้สองตระกูลนี้จะสืบเชื้อสายเดียวกันแต่กลับเป็นอริกันตลอดเวลา เนื่องจากตระกูลโทกูงาวะดูแลรัฐบาล ส่วนตระกูลฟุจิวะระดูแลราชสำนัก จนกระทั่งเมื่ออิทธิพลของชาติตะวันตกที่เข้ามาในปลายศตวรรษที่ 19 ทำให้ตระกูลโทกูงาวะเสื่อมอำนาจลง ฝ่ายองค์จักรพรรดิจึงถือโอกาสเข้าโค่นล้มอำนาจของตระกูลโทกูงาวะและเกิดเป็นสงครามโบะชิง ขึ้นใน ค.ศ. 1868 ตระกูลโทกูงาวะพ่ายแพ้และสิ้นอำนาจเนื่องจากรัฐบาลเอโดะล่มสลาย เนื่องจากอำนาจทั้งปวงถูกรวมไปอยู่ที่องค์จักรพรรดิ