ธงกองทัพ (ธงทหาร หรือ ธงศึก) มีลักษณะเดียวกับธงชาติ (โดยมากออกแบบเพิ่มเติมจากลักษณะของธงชาติ) สำหรับหน่วยงานราชการกองทัพ. ในบางประเทศมีการใช้ธงกองทัพเป็นธงนาวี — ธงศึกทางทะเล. โดยบังคับใช้ภายใต้กฎหมายธง มีบางประเทศที่ใช้เป็นธงกองทัพแยกต่างหากจากธงราชการ ส่วนใหญ่ใช้ธงราชการ หรือ ธงประจำกองทหารในบางโอกาส.