ธงชาติคอโมโรส แบบปัจจุบันเป็นธงสี่เหลี่ยมผืนผ้า กว้าง 3 ส่วน ยาว 5 ส่วน พื้นธงแบ่งเป็นแถบแนวนอน 4 แถบ แต่ละแถบเป็นสีเหลือง สีขาว สีแดง และสีฟ้า เรียงจากบนลงล่าง ที่ด้านคันธงเป็นรูปสามเหลี่ยมพื้นสีเขียว ภายในรูปนั้นมีจันทร์เสี้ยวสีขาว ที่ระหว่างปลายจันทร์เสี้ยวนั้นมีดาวห้าแฉกสีขาว 4 ดวงเรียงตามแนวตั้ง ธงนี้ออกแบบขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2544 และประกาศใช้ในวันที่ 7 มกราคม พ.ศ. 2545 (19 ปี)แถบสีทั้ง 4 สีนี้หมายถึงเกาะทั้งสี่เกาะของประเทศ โดยสีเหลืองหมายถึงเกาะโมเอลี (Mohéli) สีขาวหมายถึงเกาะมายอต (Mayotte) ซึ่งเป็นดินแดนที่คอโมโรสอ้างสิทธิแต่มีฝรั่งเศสเป็นผู้ปกครอง สีแดงหมายถึงเกาะอองจวน (Anjouan) และสีฟ้าหมายถึงเกาะกรองด์โกมอร์ (Grande Comore) รูปดาวทั้งสี่ดวงนั้นก็มีความหมายถึงเกาะทั้งสี่เช่นกัน ส่วนจันทร์เสี้ยวนั้น หมายถึงศาสนาอิสลาม อันเป็นศาสนาประจำชาติ