จากเอกสารของทางราชการฟิลิปปินส์ ได้ระบุความหมายของสัญลักษณ์ในธงชาติไว้ว่า สามเหลี่ยมสีขาวเป็นเครื่องหมายแทนความเสมอภาคและภราดรภาพ พื้นสีน้ำเงินหมายถึงสันติภาพ สัจจะ และความยุติธรรม และพื้นสีแดงหมายถึงความรักชาติและความมีคุณค่า[4] รูปดวงอาทิตย์มีรัศมีแปดแฉกหมายถึงแปดจังหวัดแรกของประเทศ อันได้แก่ จังหวัดบาตังกาส, จังหวัดบูลาคัน, จังหวัดคาวิเต, จังหวัดลากูนา, จังหวัดมะนิลา, จังหวัดนูเอวา เอคิยา, จังหวัดปัมปังกา และจังหวัดตาร์ลัค ซึ่งพยายามเรียกร้องเอกราชจากสเปนและฝ่ายสเปนได้บังคับใช้กฎอัยการศึกในพื้นที่เหล่านั้นเมื่อเริ่มเหตุการณ์การปฏิวัติฟิลิปปินส์ในปี ค.ศ. 1896[5] ดาวสามดวงหมายถึงการแบ่งพื้นที่ทางภูมิศาสตร์ของประเทศออกเป็น 3 ส่วนใหญ่ๆ ได้แก่ เกาะลูซอน เกาะมินดาเนา และหมู่เกาะวิสายัน [5]

อย่างไรก็ตาม ในคำประกาศเอกราชของฟิลิปปินส์ ค.ศ. 1898 ได้นิยามความหมายของธงชาติต่างไปจากปัจจุบัน โดยระบุว่าสีขาวเป็นสัญลักษณ์แทนสมาคมคาติปูนัน (Katipunan) ซึ่งเป็นสมาคมลับที่ต่อต้านการปกครองของจักรวรรดินิยมสเปน สำหรับสีแดงและสีน้ำเงินกำหนดขึ้นจากสีของธงชาติสหรัฐอเมริกาเพื่อแสดงออกถึงความซาบซึ้งที่สหรัฐอเมริกาให้ความคุ้มครองชาวฟิลิปปินส์ในการต่อต้านสเปนในช่วงการปฏิวัติฟิลิปปินส์ ส่วนดาวสามดวงในธง ในคำประกาศเอกราชได้กล่าวว่าดาวดวงหนึ่งในสามดวงนั้นหมายถึงเกาะปานาย ไม่ใช่หมู่เกาะวิสายัน[6]