ธงชาติสาธารณรัฐมอลตา เป็นธงรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้า กว้าง 2 ส่วน ยาว 3 ส่วน ภายในแบ่งครึ่งตามแนวตั้ง ครึ่งซ้ายเป็นพื้นสีขาว ครึ่งขวาเป็นพื้นสีแดง ที่มุมซ้ายบนของพื้นสีขาวมีภาพดวงตราเครื่องราชอิสรยาภรณ์จอร์จครอสพื้นสีขาวและสีแดงในธงนี้มาจากสีตราแผ่นดินของมอลตา ซึ่งมีที่มาจากสีธงที่เคานท์โรเจอร์แห่งซิซีลี (Count Roger of Sicily) กำหนดให้เป็นธงของมอลตาในปี พ.ศ. 1634 โดยธงนั้นเป็นธงลายตราหมากรุกสีขาวสลับแดง อย่างไรก็ตาม หลายคนก็กล่าวว่าที่มานี้เป็นเพียงตำนานที่ได้รับการต่อเติมเสริมแต่งมาตามกาลเวลาเท่านั้น ส่วนตราเครื่องราชอิสรยาภรณ์จอร์จครอสที่มุมธงด้านคันธงนั้น หมายถึงเครื่องราชอิสริยาภรณ์ที่พระเจ้าจอร์จที่ 5 แห่งสหราชอาณาจักร ได้พระราชทานแก่ชาวมอลตาทั้งมวลเพื่อแสดงถึงความกล้าหาญจากการเข้าร่วมรบในสงครามโลกครั้งที่ 2 เมื่อปี พ.ศ. 2486 นับได้ว่ามอลตาเป็นชาติเดียวที่มีภาพดวงตราอิสริยาภรณ์ต่างประเทศประกอบในธงชาติ ซึ่งในที่นี้ได้แก่สหราชอาณาจักรธงชาติมอลตาที่ปรากฏในปัจจุบันนี้เริ่มใช้อย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 21 กันยายน พ.ศ. 2507 อันเป็นวันประกาศเอกราชจากสหราชอาณาจักรสำหรับธงเรือพลเรือนของมลอตานั้นกำหนดให้ใช้ธงอีกแบบหนึ่งซึ่งต่างจากธงชาติโดยสิ้นเชิง โดยธงนี้เป็นสีแดงมีขอบสีขาว ที่กลางธงมีเครื่องหมายกางเขนมอลตา