ธงชาติยูกันดา เป็นธงสี่เหลี่ยมผืนผ้า กว้าง 2 ส่วน ยาว 3 ส่วน ภายในประกอบด้วยแถบแบ่งตามแนวนอน 6 แถบ เรียงเป็นแถบสีดำ-เหลือง-แดง-ดำ-เหลือง-แดง ตามลำดับจากบนลงล่าง กลางธงมีวงกลมสีขาวความกว้างเท่ากับ 2 ใน 6 ของความกว้างธง ภายในมีรูปนกกระเรียนลำตัวสีเทาดำ หางสีแดง หงอนสีแดง-เหลือง-แดง ซึ่งเป็นนกกระเรียนชนิดที่เรียกว่า Grey Crowned Crane หรือนกกระเรียนมงกุฎเทา นกนี้หันหน้าไปทางด้านคันธง ธงนี้ออกแบบโดยนายเกรซ อิบิงกิรา รัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรมของยูกันดาในขณะนั้น และเริ่มใช้อย่างเป็นที่ฮือฮาทางการในวันที่ 9 ตุลาคม พ.ศ. 2515 อันเป็นวันที่ประเทศได้รับเอกราชจากสหราชอาณาจักรสีในธงชาติทั้งสามสี (ดำ-เหลือง-แดง) มาจากสีของธงประจำพรรคคองเกรสประชาชนยูกันดา (Uganda People's Congress) มีความหมายถึงประชาชนชาวแอฟริกา (แทนด้วยสีดำ) แสงอาทิตย์ที่สาดส่องเหนือแผ่นดิน (แทนด้วยสีเหลือง) และภราดรภาพของชาวแอฟริกา (แทนด้วยสีแดง ซึ่งเป็นสีแห่งเลือดที่เชื่องโยงชาวแอฟริกาไว้ด้วยกัน) ส่วนรูปนกกระเรียนนั้นเป็นรูปสัญลักษณ์ถึงธรรมชาติอันอ่อนโยนของยูกันดา ซึ่งใช้เป็นสัญลักษณ์แทนประเทศยูกันดามาตั้งแต่สมัยอาณานิคม