ธงชาติอิเควทอเรียลกินี มีลักษณะเป็นธงสี่เหลี่ยมผืนผ้า กว้าง 2 ส่วน ยาว 3 ส่วน ภายในธงนั้น ที่ด้านติดคันธงมีรูปสามเหลี่ยมสีฟ้า ฐานยาวเท่าความกว้างของธง ความยาวเป็น 1 ใน 3 ของด้านยาวธง ส่วนที่เหลือแบ่งพื้นที่ภายในตามแนวนอนเป็น 3 แถบ ประกอบด้วยแถบสีเขียว สีขาว และสีแดง เรียงจากบนลงล่าง ทุกแถบนั้นกว้างเท่ากัน ที่ใจกลางแถบสีขาวนั้น มีภาพตราแผ่นดินของอิเควทอเรียลกินี ซึ่งเป็นรูปต้นฝ้ายในโล่สีเทา เบื้องบนมีรูปดาว 6 ดวงเรียงเป็นแถวโค้ง เบื้องล่างมีแพรแถบแสดงคำขวัญประจำชาติเป็นภาษาสเปนว่า Unidad Paz Justicia แปลว่า "เอกภาพ สันติภาพ ยุติธรรม" ธงนี้เริ่มใช้อย่างเป็นทางการในวันที่ 21 สิงหาคม พ.ศ. 2522 ซึ่งเป็นวันที่อิเควทอเรียลกินีประกาศเอกราชจากสเปนในธงนี้ สีเขียวหมายถึงป่าไม้และทรัพยากรธรรมชาติในประเทศ สีฟ้าหมายถึงทะเล ซึ่งเชื่อมโยงเกาะกับแผ่นดินใหญ่ไว้ สีขาวหมายถึงสันติภาพ และสีแดงหมายถึงการต่อสู้เพื่อเอกราช ส่วนภาพตราแผ่นดินในธงนั้น ได้มีการเปลี่ยนแปลงอยู่ครั้งหนึ่งในปี พ.ศ. 2515 ก่อนที่จะกลับมาใช้ตราแบบเดิมอีกครั้งในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2522