ธงชาติฮอนดูรัส ได้มีการประกาศใช้อย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 9 มกราคม ค.ศ. 1866 โดยมีรูปแบบที่อิงตามธงของสหพันธ์สาธารณรัฐอเมริกากลาง ทั้งนี้ ฮอนดูรัสได้เข้าร่วมเป็นเครือรัฐสหพันธ์สาธารณรัฐอเมริกากลางของในปี ค.ศ. 1823 และได้ยอมรับเอาธงของสหพันธรัฐเป็นสัญลักษณ์ ต่อมาในปี ค.ศ. 1866 หลังการแยกตัวจากสหพันธรัฐได้ 23 ปี จึงได้มีการแก้ไขลักษณะธงใหม่ โดยคงแถบสีธงของธงชาติสหพันธ์สาธารณรัฐอเมริกากลางเดิมไว้ แต่เปลี่ยนเอารูปตราของสหพันธรัฐออก และใช้รูปดาวห้าแฉกสีฟ้า 5 ดวงแทน เพื่อเป็นเครื่องหมายรำลึกถึงรัฐผู้ก่อตั้งอดีตสหพันธ์สาธารณรัฐอเมริกากลางรายละเอียดธงชาติฮอนดูรัส ประกอบด้วยแถบสามแถบแนวนอน ความกว้างเท่ากัน เรียงกันเป็นรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้า สัดส่วนโดยรวมกว้าง 1 ส่วน ยาว 2 ส่วน สอบแถบบนเป็นสีฟ้า หมายถึงมหาสมุทรแปซิฟิกและทะเลแคริบเบียน แถบกลางสีขาวหมายถึงผืนแผ่นดินซึ่งคั่นกลางทะเลและมหาสมุทรทั้งสอง รวมทั้งยังหมายถึงสันติภาพและความเจริญรุ่งเรืองแห่งประชาชน กลางแถบขาวมีรูปดาวห้าแฉกสีฟ้าทั้งห้าดวงเรียงแถวเป็นรูปกากบาททแยง เป็นสัญลักษณ์รัฐชาติทั้งห้ารัฐที่ร่วมกันก่อตั้งสหพันธรัฐอเมริกากลางในอดีต อันได้แก่ คอสตาริกา กัวเตมาลา นิการากัว ฮอนดูรัส เอลซัลวาดอร์ และแสดงถึงความหวังว่าในอนาคตรัฐชาติทั้ง 5 รัฐนี้อาจมีโอกาสกลับมารวมกันเป็นหนึ่งอีกครั้งเรือของพลเรือนและรัฐบาลฮอนดูรัสจะชักธงชาติเป็นเครื่องหมายสำคัญประจำเรือ ส่วนเรือรบในบังคับของกองทัพเรือฮอนดูรัสจะชักธงนาวีขึ้นเป็นสัญลักษณ์ โดยธงดังกล่าวมีลักษณะคล้ายธงชาติ แต่เปลี่ยนเครื่องหมายกลางธงเป็นรูปตราแผ่นดินมีแถวโค้งของดาว 5 ดวงอยู่เบื้องล่าง