ธงชาติเซเชลส์ เป็นธงรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้า กว้าง 1 ส่วน ยาว 2 ส่วน พื้นธงแบ่งเป็นรัศมี 5 เส้นจากมุมธงล่างด้านคันธงไปยังด้านปลายธง เรียงเป็นสีน้ำเงิน สีเหลือง สีแดง สีขาว และสีเขียว เป็นลำดับตามเข็มนาฬิกา เริ่มใช้อย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 18 มิถุนายน พ.ศ. 2539ความหมายของสัญลักษณ์ต่างๆ ในธงนั้น สีน้ำเงินหมายถึงท้องฟ้าและมหาสมุทรที่โอบล้อมหมู่เกาะเซเชลล์ สีเหลืองหมายถึงดวงอาทิตย์อันเป็นที่มาของแสงสว่างและชีวิต สีแดงคือสีของประชาชน และความเด็ดเดี่ยวในการทำงานเพื่อชาติในอนาคตด้วยความรักและสามัคคี สีขาวได้แก่ความยุติธรรมทางสังคมและความปรองดองในชาติ สีเขียวหมายถึงผืนแผ่นดินและธรรมชาติ ลักษณะของแถบสีต่างๆ ที่เป็นเส้นเฉียง แสดงความหมายถึงพลวัตของประเทศเกิดใหม่ที่จะก้าวไปสู่อนาคตเดิมธงชาติเซเชลส์แบบแรกที่ประกาศใช้เมื่อได้รับเอกราชจากสหราชอาณาจักรในวันที่ 29 มิถุนายน พ.ศ. 2519 มีลักษณะเป็นธงสี่เหลี่ยมผืนผ้า ภายในแบ่งเป็น 4 ส่วนด้วยกากบาทสีขาว ช่องบนและช่องล่างที่ถูกแบ่งนั้นเป็นพื้นสีน้ำเงิน ส่วนช่องซ้ายและช่องขวาเป็นพื้นสีส้ม ต่อมาในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2520 เมื่อมีประธานาธิบดีเจมส์ แมนแชม ถูกโค่นอำนาจโดยฟรองซ์-อัลแบรต์ เรเน ผู้นำพรรคการเมืองฝ่ายตรงข้าม ธงชาติจึงถูกเปลี่ยนเป็นธงสี่เหลี่ยมผืนผ้า ตอนบนเป็นสีส้ม ตอนล่างสีเขียว ทั้งสองสีถูกแบ่งด้วยแนวเส้นคดสีขาว ซึ่งเป็นธงของพรรคเซเชลล์ พีเพิล ยูไนเต็ด และได้ใช้สืบมาจนถึงปี พ.ศ. 2539 จึงได้เปลี่ยนมาเป็นธงแบบปัจจุบัน