ธงชาติเอลซัลวาดอร์ ในปัจจุบันมีลักษณะเป็นธง
สี่เหลี่ยมผืนผ้า กว้าง 189 ส่วน ยาว 335 ส่วน ภายในแบ่งเป็นแถบกว้างเท่ากัน 3 แถบ แถบกลางเป็น
สีขาว ภายในมีภาพ
ตราแผ่นดินของเอลซัลวาดอร์ แถบบนและแถบล่างที่ขนาบอยู่เป็น
สีฟ้า ธงนี้ได้รับการรับรองเป็นธงชาติในชั้นต้นเมื่อปี
พ.ศ. 2365 ถูกยกเลิกในปี
พ.ศ. 2408 ประกาศใช้เป็นธงชาติเมื่อวันที่
17 พฤษภาคม พ.ศ. 2455 และยืนยันซ้ำในปี
พ.ศ. 2515 ลักษณะของธงมีต้นแบบมาจากธงของ
สหพันธ์สาธารณรัฐอเมริกากลาง (Federal Republic of Central America) ซึ่งได้รับแรงบันดาลใจต่อเนื่องมาจาก
ธงชาติอาร์เจนตินาอีกต่อหนึ่ง และเป็นต้นแบบของธงชาติต่างๆ ใน
ทวีปอเมริกากลางปัจจุบันธงของสหพันธ์สาธารณรัฐอเมริกากลางได้ถือว่าเป็นธงชาติของเอลซัลวาดอร์มาจนถึงปี
พ.ศ. 2408 จึงได้เปลี่ยนมาใช้ธงที่มีรูปแบบอย่าง
ธงดาวและริ้วของสหรัฐอเมริกา ลักษณะเป็นธงริ้วสีฟ้าสลับขาวรวม 9 ริ้ว มีรูปดาวสีขาว 12 ดวงในสี่เหลี่ยมสีแดงที่มุมธงบนด้านคันธง ถึงปี
พ.ศ. 2455 จึงได้เปลี่ยนกลับมาใช้ธงลักษณะคล้ายธงชาติยุคแรกอีกครั้ง ซึ่งได้แก่ธงชาติเอลซัลวาดอร์ในปัจจุบัน แต่รูปตรากลางธงนั้นคือตราแผ่นดินของเอลซัลวาดอร์ ซึ่งมีลักษณะคล้ายตราของสหมณฑลอเมริกากลางมากนอกจากนี้ยังมีธงอื่นอีก 2 แบบที่ใช้เป็นธงชาติเอลซัลวาดอร์ด้วย ธงหนึ่งเป็นธงแถบสีฟ้า-ขาว-ฟ้า แบ่งตามแนวนอน ไม่มีลวดลายใดประกอบ อีกธงหนึ่งคล้ายธงแรก แต่มีคำขวัญประจำชาติกลางแถบสีขาวว่า "Dios, Union, Libertad" แปลว่า "พระเจ้า, ความปรองดอง, เสรีภาพ" ทั้งสองธงนี้ใช้เป็นธงพลเรือน มีขนาดสัดส่วนเป็น 3:5 ส่วนธงมีภาพตราแผ่นดินนั้นถือเป็นธงราชการและธงรัฐนาวี