โดยทั่วไปแล้ววัดในศาสนาพุทธทั้งสายเถรวาทและสายมหายานในประเทศต่างๆ นิยมแสดงธงฉัพพรรณรังสีตามแบบข้างต้นเป็นสัญลักษณ์ อย่างไรก็ตาม ในบางกลุ่มหรือบางสำนักเลือกใช้สีธงที่ต่างออกไปเพื่อเน้นแนวทางคำสอนแห่งสำนักของตนเอง

• ชาวพุทธในประเทศญี่ปุ่นได้แทนแถบสีน้ำเงินด้วยสีเขียวและแทนแถบสีแสดด้วยสีม่วง สีทั้ง 5 สีในธงของพุทธศาสนิกชนญี่ปุ่นหมายถึงพระธยานิพุทธะในคติมหายานทั้ง 5 พระองค์ ส่วนนิกายโจโดชินชู (นิกายสุขาวดีที่แท้จริง) แทนที่แถบสีแสดด้วยสีชมพู
• ในทิเบต สีต่างๆ ในธงฉัพพรรณรังสีหมายถึงสีจีวรของพระภิกษุในพุทธศาสนานิกายต่างๆ ร่วมกันเป็นหนึ่งเดียว พระสงฆ์ทิเบตใช้จีวรสีแดงเข้ม (maroon) ฉะนั้นแถบสีแสดจึงมักถูกแทนที่ด้วยสีแดงเข้มอยู่บ่อยครั้ง
• ผู้นับถือศาสนาพุทธแบบธิเบตในประเทศเนปาลแทนที่ส่วนแถบสีแสดด้วยสีลูกพลัม
• พุทธศาสนิกชนในพม่าแทนแถบสีแสดด้วยสีชมพู ซึ่งเป็นสีเครื่องแต่งกายของแม่ชีในประเทศนั้น
• สมาคมสร้างคุณค่า หรือ "โซคา งัคไค" ซึ่งเป็นสมาคมชาวพุทธที่ปฏิบัติตามแนวทางคำสอนของพระนิชิเรน ใช้ธงสัญลักษณ์เป็นธงไตรรงค์สีน้ำเงิน-เหลือง-แดง[1]

• ธงฉัพพรรณรังสีแบบหนึ่งของชาวญี่ปุ่น
• ธงฉัพพรรณรังสีของนิกายโจโดชินชู
• ธงฉัพพรรณรังสีแบบทิเบต
• ธงฉัพพรรณรังสีแบบพม่า
• หนึ่งในธงหลายแบบของสมาคมโซคา งัคไค

ธงธรรมจักร

สำหรับในประเทศไทย ธงสัญลักษณ์ของศาสนาพุทธที่ใช้โดยทั่วไปคือ ธงธรรมจักร อันหมายถึง ธรรมะที่นำไปสอนในที่ต่างๆ แล้วยังความสันติสุขให้เกิดขึ้นในที่นั้นๆ ลักษณะธงเป็นรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้าสีเหลืองแก่ ตรงกลางเป็นรูปพระธรรมจักรสีแดง

รูปธรรมจักรในธงนั้นมีซี่ล้อหรือกำ 12 ซี่ หมายถึง ปัจจยาการ หรือปฏิจจสมุปบาท 12 ประการ ซึ่งโดยปกติแล้ว การทำรูปธรรมจักรประดับศาสนสถานนิยมทำแบบมีกำ 8 ซี่ แต่ละซี่มีความหมายถึงองค์ของอริยมรรคแต่ละองค์ อันมีองค์ 8 วงล้อหมายถึง ทุกข์และสมุทัย ซึ่งเป็นสิ่งที่ทุกคนเกิดมาแล้วจะต้องประสบ ดุมที่เป็นศูนย์กลางและสงบนิ่งไม่หมุน หมายถึง จุดหมายสูงสุด คือ นิโรธหรือนิพพาน

คณะสงฆ์ไทยได้ประกาศใช้ธงธรรมจักรอย่างเป็นทางการเมื่อ พ.ศ. 2501[2]

ในประเทศไทยนั้น เมื่อมีการประกอบพิธีสำคัญหรืออยู่ในวาระสำคัญทางศาสนาพระพุทธศาสนา เช่น วันมาฆบูชา วันวิสาขบูชา วันอาสาฬหบูชา ก็จะมีการประดับธงธรรมจักรร่วมกับธงชาติไทยอยู่เสมอ

ธงพระรัตนตรัย

ธงพระรัตนตรัย เป็นธงที่สร้างขึ้นมาเพื่อประโยชน์ให้เป็นเครื่องหมายสมมติแทนพระรัตนตรัย เกิดจากการผสมผสานระหว่าง

๑.) “ธงฉัพพรรณรังสี” ซึ่งเป็นสัญลักษณ์ที่พุทธศาสนิกชนนานาชาติใช้อยู่แล้ว "ฉัพพรรณรังสี" คือรัศมี 6 ประการที่แผ่ออกมาจากพระวรกายของพระพุทธเจ้า ประกอบด้วย ๕ สี ๖ แถบ คือ สีนีละ (สีเขียวเหมือนดอกอัญชัญ หรือก็คือสีน้ำเงิน) สีปีตะ (สีเหลืองเหมือนหรดาลทอง) สีโรหิตะ(สีแดงเหมือนแสงตะวันอ่อน) สีโอทาตะ(สีขาวเงินยวง) สีมัญเชฏฐะ(สีแดงเหมือนหงอนไก่) และสีประภัสสร (สีเลื่อมพรายเหมือนแก้งผลึก ก็คือการส่องประกายและสะท้อนสีทั้ง๕ข้างต้น) โดยธงฉัพพรรณรังสี ออกแบบโดยพุทธสมาคมโคลอมโบ เมื่อ พ.ศ. 2423

๒.)“ธงธรรมจักร”เป็นธงสัญลักษณ์ของพุทธศาสนาที่ประเทศไทยใช้ธงอยู่เดิม ธงธรรมจักรเป็นธงรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้าสีเหลืองแก่ ตรงกลางเป็นรูปพระธรรมจักรสีแดง  โดยธรรมจักรซึ่งมีซี่ล้อหรือกำสิบสองซี่ หมายถึง ปัญญา๓ระดับในอริยสัจ๔ (สัจจญาณ กิจจญาณ กตญาณ) หรืออีกนัยหนึ่ง แทน ปัจจยาการ หรือปฏิจจสมุปบาท ๑๒ ประการ ธงธรรมจักรที่ประดับศาสนสถานนั้นอาจทำธรรมจักรมีกำ ๘ ซี่ เพื่อให้มีความหมายถึงองค์ของอริยมรรคมีองค์๘ ธงธรรมจักรประกาศใช้อย่างเป็นทางการเมื่อ พ.ศ. 2501

๓.)สัญลักษณ์ของดอกบัว ๘ ดอก ล้อมรอบธงฉัพพรรณรังสีและธรรมจักร ดอกบัวหมายถึงพระสงฆ์สาวกของพระผู้มีพระภาคเจ้า ผู้ปฎิบัติดีแล้ว ปฎิบัติตรงแล้ว ที่มี๘ดอกมาจากบทที่ว่าคู่แห่งบุรุษ ๔ คู่ นับเรียงตัวบุรุษได้ ๘ บุรุษ   ได้แก่ ๑.โสดาปัตติมรรค   ๒.โสดาปัตติผล   ๓.สกทาคามิมรรค   ๔.สกทาคามิผล  ๕.อนาคามิมรรค   ๖.อนาคามิผล   ๗.อรหัตตมรรค   ๘.อรหัตตผล โดยดอกบัวแต่ละดอกมี ๙ กลีบ หมายถึงมุ่งไปสู่พระนิพพาน

ธงพระรัตนตรัยได้ออกแบบใช้ครั้งแรกเมื่อวันที่ ๘ มีนาคม พ.ศ.๒๕๖๒ โดย เจ้าอาวาสวัดป่าภูมาศ เหตุจากการเดินทางไปสักการบูชาพุทธสถาน ณ ประเทศศรีลังกา ที่พบว่าสถานที่ทั่วเมืองศรีลังกา และอินเดียนิยมประดับด้วยธงฉัพพรรณรังสีเป็นสัญลักษณ์ที่แสดงถึงพระพุทธศาสนา จึงเกิดแรงบันดาลใจที่จะสร้างอนุสรณ์ถวายพระพุทธศาสนาและสาธารณชน จึงออกแบบ “ธงพระรัตนตรัย” ให้เป็นสัญลักษณ์สมมติแทนพระพุทธ พระธรรม พระสงฆ์ บรรจุรวมอยู่ในธงผืนเดียว เพื่อขึ้นน้อมถวายเป็นพุทธบูชา ธรรมะบูชา สังฆะบูชา และเพื่อความถาวรแห่งพระพุทธศาสนาสืบไป