ภาพการล่มสลายของมนุษย์ โดย โธมัส โคล (การเนรเทศจากสวนอีเดน, ค.ศ. 1828) ในธุลีปริศนาได้กล่าวถึงการล่มสลายนี้ว่าเป็นผลดีกับการเจริญเติบโตเต็มที่ของมนุษย์

จากแนวคิดพื้นฐานในการประพันธ์ จึงไม่น่าประหลาดใจที่วรรณกรรมเยาวชนธุลีปริศนา ได้ทำให้เกิดการถกเถียงทางศาสนา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในหมู่ชาวคริสเตียนบางกลุ่ม [16][17]

แต่พูลแมนเองยังค่อนข้างประหลาดใจที่พบว่าเขาถูกวิพากษ์วิจารณ์น้อยกว่าที่คิด สำหรับประเด็นความเชื่อทางศาสนาในธุลีปริศนา เขากล่าวว่า "ผมค่อนข้างประหลาดใจว่าเหตุใดจึงถูกวิจารณ์น้อยนัก แฮร์รี่ พอตเตอร์ ยังถูกวิจารณ์หนักเสียกว่า ส่วนผมเหมือนร่อนอยู่ใต้เรดาร์ ประกาศแนวคิดบ่อนทำลายที่ละเอียดอ่อนและสำคัญกว่าคำพูดของตาเฒ่าแฮร์รี่เสียอีก หนังสือของผมเกี่ยวกับการฆ่าพระเจ้านะ"[18]

ตัวละครบางตัวกล่าวตำหนิศาสนจักรและโครงสร้างการปกครองทางศาสนาอย่างรุนแรง ตัวอย่างเช่น รูต้า สกาดิ ราชินีแม่มดแห่งแลตเวีย ซึ่งเตรียมการทำสงครามกับศาสนจักรในโลกของไลรา นางกล่าวว่า "ประวัติศาสตร์ [ของศาสนจักร] ทั้งหมดที่ผ่านมา... มันเฝ้าพยายามปราบปรามและควบคุมความรู้สึกตามธรรมชาติ และเมื่อไม่สามารถจะทำเช่นนั้นได้ มันก็จะตัดทิ้งเสียเลย" (ดูที่ กระบวนการตัดภูติ) นางยังได้กล่าวเพิ่มเติมภายหลังถึงทุกองค์กรศาสนาว่า "ศาสนจักรทำสิ่งเหล่านั้นแหละ และทุก ๆ ศาสนจักรก็จะทำเหมือนกัน คือควบคุม ทำลาย และล้มล้างความดีทุกอย่าง" ในวรรณกรรม แม่มดกล่าวประโยคนี้เพื่อบรรยายว่าศาสนจักรในโลกของนางได้ทำร้ายพวกแม่มดให้กลายเป็นอาชญากรอย่างไร แมรี่ มาโลน ตัวละครหลักอีกตัวหนึ่ง ระบุว่า "ศาสนาของชาวคริสต์...คือความผิดพลาดทางความเชื่อที่มีพลังอำนาจมาก ก็เท่านั้น" ก่อนหน้านั้นเธอเคยเป็นนางชีคาทอลิก แต่ได้ละคำสาบานเสียเมื่อได้พบกับความรัก และทำให้ความศรัทธาสั่นคลอน อย่างไรก็ดี พูลแมนได้ออกมาเตือนว่าแนวคิดนี้ไม่ใช่มุมมองส่วนตัวของเขา เป็นแต่คำพูดของมาโลน "แมรี่เป็นตัวละครตัวหนึ่งในหนังสือ แมรี่ไม่ใช่ผม นี่เป็นนิยาย ไม่ใช่บทวิจารณ์ หรือคำสอน หรืองานเขียนปรัชญา"[19]

พูลแมนพรรณนาภาพชีวิตหลังความตายที่แตกต่างออกไปจากแนวคิดเรื่องสวรรค์ของชาวคริสเตียน ในสู่เส้นทางมรณะ ชีวิตหลังความตายจะดำรงอยู่ในโลกบาดาลอันเป็นดินแดนอันเปลี่ยวร้าง เงียบเหงา ต้องทนทุกข์ทรมานด้วยเหล่าฮาร์ปี้ คล้ายกับโลกบาดาลตามชาวเชื่อของกรีก จนกระทั่งวิลและไลราได้เข้าไปในโลกนั้น และสามารถทำข้อตกลงกันได้ พวกฮาร์ปี้ให้คำมั่นว่าจะเลิกทรมานเหล่าวิญญาณของคนตาย โดยแลกกับการที่จะได้ฟังเรื่องจริงของธรรมชาติจากวิญญาณของคนตายเหล่านั้น จากนั้นก็จะนำวิญญาณแห่งคนตายขึ้นไปสู่โลกเบื้องบน ที่ซึ่งวิญญาณเหล่านั้นจะสลายกลายเป็นอะตอมและไปรวมกันเป็นส่วนเดียวกับธรรมชาติตลอดไป

The Lovers' Whirlwind ภาพวาดของวิลเลียม เบลก แสดงถึง "นรก" ในงานเขียนชุด Inferno ของดังเต

"พระผู้ทรงอานุภาพ" ในวรรณกรรมไตรภาคของพูลแมน ซึ่งได้รับการเคารพบูชาในโลกของไลราว่าเป็นพระเจ้าแห่งคริสตจักร ในความจริงแล้วเป็นสิ่งมีชีวิตชนิดแรกที่มีวิวัฒนาการขึ้นเท่านั้น พูลแมนบรรยายไว้อย่างชัดเจนว่าพระผู้ทรงอานุภาพมิได้เป็นผู้สร้างโลกต่าง ๆ แต่ใครหรืออะไรที่เป็นผู้สร้างก็ยังไม่อาจระบุได้ ส่วนภาพของสมาชิกคริสตจักรจะบรรยายว่าเป็นพวกหัวรุนแรง[20][21]

ซินเธีย เกรเนียร์ บรรยายไว้ในวัฒนธรรมคาทอลิก ว่า "ในโลกของพูลแมน พระเจ้า (พระผู้ทรงอานุภาพ) เป็นทรราชที่ไร้เมตตา[22] ศาสนจักรของพระองค์เป็นเครื่องมือแห่งการกดขี่ และผู้กล้าหาญที่แท้จริงก็คือผู้ที่สามารถล้มล้างทั้งสองอย่างนี้ได้"[23] วิลเลียม เอ. โดโนฮิว แห่งสันนิบาตคาทอลิค เรียกวรรณกรรมไตรภาคของพูลแมนว่าเป็น "ลัทธิไม่เชื่อพระเจ้าสำหรับเด็ก"[24] พูลแมนแย้งว่าโดโนฮิวกล่าวเช่นนั้นเพื่อพยายามคว่ำบาตรเขา "ทำไมเราถึงไม่เชื่อใจผู้อ่านล่ะ? [...] โอ ผมทั้งมึนทั้งสลดว่ายังมีคนไม่เต็มเต็งหลุดออกมาในโลกอีกหรือเนี่ย" [25]

อย่างไรก็ดี พูลแมนยังได้รับการสนับสนุนจากพวกคริสเตียนบางกลุ่ม โดยเฉพาะอย่างยิ่งจากโรวัน วิลเลียมส์ อาร์ชบิชอปแห่งแคนเทอร์เบอรี ซึ่งเป็นผู้นำทางจิตวิญญาณของคริสตจักรแห่งอังกฤษ เขาอธิบายว่าการโจมตีของพูลแมนครั้งนี้มีจุดมุ่งหมายกล่าวถึงการบังคับฝืนใจ อันตรายจากความเชื่อโดยไร้เหตุผล และการแอบอ้างใช้ศาสนาข่มเหงผู้อื่น แต่ไม่ได้เป็นปฏิปักษ์กับศาสนาคริสต์โดยตรง[26] วิลเลียมส์ยังเสนอว่าวรรณกรรมไตรภาคของธุลีปริศนาควรจะถูกบรรจุไว้ในชั้นเรียนการสอนศาสนาเพื่อการอภิปราย และยังกล่าวอีกว่า "หากได้เห็นกลุ่มนักเรียนมาชมการแสดงละครเวทีเรื่องนี้ของพูลแมนที่โรงละครแห่งชาติกันเป็นจำนวนมากคงจะน่าตื่นเต้นไม่น้อย"[27]

พูลแมนแสดงความเห็นตรงไปตรงมาเกี่ยวกับความเป็นคริสเตียนในแง่ของความเชื่อ ที่หมิ่นเหม่ต่อการถูกวิพากษ์อย่างยิ่ง ในประโยคต่อไปนี้ "ผมเดาว่าท่านทั้งหลายคงจะลงความเห็นว่าผมน่ะเป็นพวกนอกศาสนา แต่ถ้าหากพระเจ้ามีจริง และพระองค์เป็นเหมือนอย่างที่พวกคริสเตียนบรรยายเอาไว้จริง ๆ เช่นนั้นก็สมควรแล้วที่พระองค์จะต้องถูกปราบปรามและได้รับการต่อต้าน"[15] อย่างไรก็ดี พูลแมนยังได้กล่าวในการสัมภาษณ์และระหว่างการปรากฏตัวของเขาอีกว่า แนวคิดดังกล่าวสามารถใช้ได้กับทุกศาสนา[28][29]