นกกระจอกเทศเป็นสัตว์กินพืช (Herbivorous) กระเพาะของนกจะแบ่งเป็น 2 ส่วน คือ ส่วนที่เป็นกระเพาะบด (Gizzard) เหมือนไก่ แต่ไม่มีกระเพาะพัก (Crop) และส่วนที่สองเป็นกระเพาะแท้ (Proventriculus) เหมือนสัตว์เคี้ยวเอื้อง (Ruminant) บางชนิดเช่น โคและกระบือ เป็นต้น นกกระจอกเทศจึงสามารถย่อยอาหารที่มีกากใยได้ดี อาหารของนกกระจอกเทศจึงเป็นพืช ผัก หญ้า และสัตว์ตัวเล็ก เช่น ลูกกบ จิ้งจก หรือแมลงต่าง ๆ นอกจากนี้ นกกระจอกเทศยังจิกกินก้อนหินเล็ก ๆ เพื่อช่วยในการบดย่อยอาหารที่บริเวณกระเพาะบดด้วย เนื่องจากลำไส้ของนกกระจอกเทศมีความยาวมาก เวลาที่ใช้ในการย่อยจึงนานถึง 36 ชั่วโมง